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タイトルRecognition of BACH1 quaternary structure degrons by two F-box proteins under oxidative stress.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 26, Page 7568-7584.e22, Year 2024
掲載日2024年12月26日
著者Shiyun Cao / Sheena Faye Garcia / Huigang Shi / Ellie I James / Yuki Kito / Hui Shi / Haibin Mao / Sharon Kaisari / Gergely Rona / Sophia Deng / Hailey V Goldberg / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Luca Lignitto / Miklos Guttman / Michele Pagano / Ning Zheng /
PubMed 要旨Ubiquitin-dependent proteolysis regulates diverse cellular functions with high substrate specificity, which hinges on the ability of ubiquitin E3 ligases to decode the targets' degradation signals, i. ...Ubiquitin-dependent proteolysis regulates diverse cellular functions with high substrate specificity, which hinges on the ability of ubiquitin E3 ligases to decode the targets' degradation signals, i.e., degrons. Here, we show that BACH1, a transcription repressor of antioxidant response genes, features two distinct unconventional degrons encrypted in the quaternary structure of its homodimeric BTB domain. These two degrons are both functionalized by oxidative stress and are deciphered by two complementary E3s. FBXO22 recognizes a degron constructed by the BACH1 BTB domain dimer interface, which is unmasked from transcriptional co-repressors after oxidative stress releases BACH1 from chromatin. When this degron is impaired by oxidation, a second BACH1 degron manifested by its destabilized BTB dimer is probed by a pair of FBXL17 proteins that remodels the substrate into E3-bound monomers for ubiquitination. Our findings highlight the multidimensionality of protein degradation signals and the functional complementarity of different ubiquitin ligases targeting the same substrate.
リンクCell / PubMed:39504958 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 5.6 Å
構造データ

EMDB-42049, PDB-8ua3:
Cryo-EM Structure of FBOX22-BACH1BTB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-42051, PDB-8ua6:
Cryo-EM Structure of SCF-FBOX22-BACH1BTB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-42064, PDB-8uah:
Structure of BACH1 BTB domain-bound FBXL17 ubiquitin ligase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-42102, PDB-8ubt:
Structure of SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-42105, PDB-8ubu:
Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-42106, PDB-8ubv:
Cryo-EM structure of dimeric FBXL17-BACH1BTB E3 ubiquitin ligase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-42115: Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / F-box protein / FBXO22 / BACH1 / SCF / FBXL17 / E3 ligase / CUL1 / Cullin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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