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タイトルStructure and inhibition of the human lysosomal transporter Sialin.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 4386, Year 2024
掲載日2024年5月23日
著者Philip Schmiege / Linda Donnelly / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Chia-Hsueh Lee / Xiaochun Li /
PubMed 要旨Sialin, a member of the solute carrier 17 (SLC17) transporter family, is unique in its ability to transport not only sialic acid using a pH-driven mechanism, but also transport mono and diacidic ...Sialin, a member of the solute carrier 17 (SLC17) transporter family, is unique in its ability to transport not only sialic acid using a pH-driven mechanism, but also transport mono and diacidic neurotransmitters, such as glutamate and N-acetylaspartylglutamate (NAAG), into synaptic vesicles via a membrane potential-driven mechanism. While most transporters utilize one of these mechanisms, the structural basis of how Sialin transports substrates using both remains unclear. Here, we present the cryogenic electron-microscopy structures of human Sialin: apo cytosol-open, apo lumen-open, NAAG-bound, and inhibitor-bound. Our structures show that a positively charged cytosol-open vestibule accommodates either NAAG or the Sialin inhibitor Fmoc-Leu-OH, while its luminal cavity potentially binds sialic acid. Moreover, functional analyses along with molecular dynamics simulations identify key residues in binding sialic acid and NAAG. Thus, our findings uncover the essential conformational states in NAAG and sialic acid transport, demonstrating a working model of SLC17 transporters.
リンクNat Commun / PubMed:38782953 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.83 - 3.67 Å
構造データ

41858

8u3d

EMDB-41858, PDB-8u3d:
Structure of Apo Sialin at pH7.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

41859

8u3e

EMDB-41859, PDB-8u3e:
Structure of Apo Sialin at pH5.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

41860

8u3f

EMDB-41860, PDB-8u3f:
Structure of Apo Sialin R168K mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

41861

8u3g

EMDB-41861, PDB-8u3g:
Structure of NAAG-bound Sialin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

41862

8u3h

EMDB-41862, PDB-8u3h:
Structure of Fmoc-Leu-OH bound Sialin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

43984

9ayb

EMDB-43984, PDB-9ayb:
Structure of Apo Sialin S61A mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

化合物

ChemComp-ACE:
ACETYL GROUP / アセトアルデヒド

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


化合物 画像なし

ChemComp-VP1:
Unknown entry

ChemComp-LEU:
LEUCINE / ロイシン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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