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タイトルStructural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3047, Year 2025
掲載日2025年3月28日
著者Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru Itoh / Rob Leurs / Ramanuj Banerjee / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
PubMed 要旨Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although ...Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although some also exhibit naturally-encoded signaling-bias toward β-arrestins (βarrs). C-X-C type chemokine receptors, namely CXCR3 and CXCR7, constitute a pair wherein the former is a prototypical GPCR while the latter exhibits selective coupling to βarrs despite sharing a common natural agonist: CXCL11. Moreover, CXCR3 and CXCR7 also recognize small molecule agonists suggesting a modular orthosteric ligand binding pocket. Here, we determine cryo-EM structures of CXCR3 in an Apo-state and in complex with small molecule agonists biased toward G-proteins or βarrs. These structural snapshots uncover an allosteric network bridging the ligand-binding pocket to intracellular side, driving the transducer-coupling bias at this receptor. Furthermore, structural topology of the orthosteric binding pocket also allows us to discover and validate that selected small molecule agonists of CXCR3 display robust agonism at CXCR7. Collectively, our study offers molecular insights into signaling-bias and dual agonism in the CXCR3-CXCR7 system with therapeutic implications.
リンクNat Commun / PubMed:40155369 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.03 - 3.68 Å
構造データ

38765

8xxy

EMDB-38765, PDB-8xxy:
Structure of CXCR3 in the apo-state (Receptor focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

38766

8xxz

EMDB-38766, PDB-8xxz:
Structure of CXCR3 in the apo-state (Full map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

38774

8xyi

EMDB-38774, PDB-8xyi:
Structure of CXCR3 in complex with VUF10661 (Receptor-ligand focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

38776

8xyk

EMDB-38776, PDB-8xyk:
Structure of CXCR3 in complex with VUF10661 and Go (Full map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

38803

8y0h

EMDB-38803, PDB-8y0h:
Structure of CXCR3 in complex with VUF11418 (Receptor-ligand focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

38809

8y0n

EMDB-38809, PDB-8y0n:
Structure of CXCR3 in complex with VUF11418 and Go (Full map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

化合物

PDB-1lw1:
Crystal Structure Of Mycobacterium Tuberculosis Alkylperoxidase Ahpd H137F mutant

PDB-1lw2:
CRYSTAL STRUCTURE OF T215Y MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH 1051U91

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE complex / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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