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- EMDB-38776: Structure of CXCR3 in complex with VUF10661 and Go (Full map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38776
タイトルStructure of CXCR3 in complex with VUF10661 and Go (Full map)
マップデータ
試料
  • 複合体: CXCR3 in complex with VUF10661 and Go
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment ScFv16
  • リガンド: (3~{S})-~{N}-[(2~{S})-6-azanyl-1-(2,2-diphenylethylamino)-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-2-(4-oxidanylidene-4-phenyl-butanoyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinoline-3-carboxamide
キーワードGPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / mu-type opioid receptor binding / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / C-C chemokine binding ...regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / mu-type opioid receptor binding / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / C-C chemokine binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / vesicle docking involved in exocytosis / Chemokine receptors bind chemokines / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / parallel fiber to Purkinje cell synapse / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of cell adhesion / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / adenylate cyclase regulator activity / muscle contraction / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / GABA-ergic synapse / cell chemotaxis / locomotory behavior / calcium-mediated signaling / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / positive regulation of angiogenesis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / chemotaxis / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor activity / G protein activity / presynaptic membrane / cell body / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / C-X-C chemokine receptor type 3 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Sano FK / Saha S / Sharma S / Ganguly M / Shihoya W / Nureki O / Shukla AK / Banerjee R
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system.
著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru ...著者: Shirsha Saha / Fumiya K Sano / Saloni Sharma / Manisankar Ganguly / Annu Dalal / Sudha Mishra / Divyanshu Tiwari / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Nabarun Roy / Nashrah Zaidi / Yuzuru Itoh / Rob Leurs / Ramanuj Banerjee / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although ...Chemokine receptors are critically involved in multiple physiological and pathophysiological processes related to immune response mechanisms. Most chemokine receptors are prototypical GPCRs although some also exhibit naturally-encoded signaling-bias toward β-arrestins (βarrs). C-X-C type chemokine receptors, namely CXCR3 and CXCR7, constitute a pair wherein the former is a prototypical GPCR while the latter exhibits selective coupling to βarrs despite sharing a common natural agonist: CXCL11. Moreover, CXCR3 and CXCR7 also recognize small molecule agonists suggesting a modular orthosteric ligand binding pocket. Here, we determine cryo-EM structures of CXCR3 in an Apo-state and in complex with small molecule agonists biased toward G-proteins or βarrs. These structural snapshots uncover an allosteric network bridging the ligand-binding pocket to intracellular side, driving the transducer-coupling bias at this receptor. Furthermore, structural topology of the orthosteric binding pocket also allows us to discover and validate that selected small molecule agonists of CXCR3 display robust agonism at CXCR7. Collectively, our study offers molecular insights into signaling-bias and dual agonism in the CXCR3-CXCR7 system with therapeutic implications.
履歴
登録2024年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249. Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249. Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.44
最小 - 最大-21.06156 - 43.393839999999997
平均 (標準偏差)-0.000000000002361 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38776_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38776_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CXCR3 in complex with VUF10661 and Go

全体名称: CXCR3 in complex with VUF10661 and Go
要素
  • 複合体: CXCR3 in complex with VUF10661 and Go
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 3
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment ScFv16
  • リガンド: (3~{S})-~{N}-[(2~{S})-6-azanyl-1-(2,2-diphenylethylamino)-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-2-(4-oxidanylidene-4-phenyl-butanoyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinoline-3-carboxamide

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超分子 #1: CXCR3 in complex with VUF10661 and Go

超分子名称: CXCR3 in complex with VUF10661 and Go / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: C-X-C chemokine receptor type 3

分子名称: C-X-C chemokine receptor type 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.597906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSVLE VSDHQVLNDA EVAALLENFS SSYDYGENE SDSCCTSPPC PQDFSLNFDR AFLPALYSLL FLLGLLGNGA VAAVLLSRRT ALSSTDTFLL HLAVADTLLV L TLPLWAVD ...文字列:
MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSVLE VSDHQVLNDA EVAALLENFS SSYDYGENE SDSCCTSPPC PQDFSLNFDR AFLPALYSLL FLLGLLGNGA VAAVLLSRRT ALSSTDTFLL HLAVADTLLV L TLPLWAVD AAVQWVFGSG LCKVAGALFN INFYAGALLL ACISFDRYLN IVHATQLYRR GPPARVTLTC LAVWGLCLLF AL PDFIFLS AHHDERLNAT HCQYNFPQVG RTALRVLQLV AGFLLPLLVM AYCYAHILAV LLVSRGQRRL RAMRLVVVVV VAF ALCWTP YHLVVLVDIL MDLGALARNC GRESRVDVAK SVTSGLGYMH CCLNPLLYAF VGVKFRERMW MLLLRLGCPN QRGL QRQPS SSRRDSSWSE TSEASYSGL

UniProtKB: C-X-C chemokine receptor type 3

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.024762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT SIILFLNKKD L FGEKIKKS ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT SIILFLNKKD L FGEKIKKS PLTICFPEYT GPNTYEDAAA YIQAQFESKN RSPNKEIYCH MTCATDTNNA QVIFDAVTDI IIANNLRGCG LY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: Antibody fragment ScFv16

分子名称: Antibody fragment ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.466486 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL K

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分子 #6: (3~{S})-~{N}-[(2~{S})-6-azanyl-1-(2,2-diphenylethylamino)-1-oxida...

分子名称: (3~{S})-~{N}-[(2~{S})-6-azanyl-1-(2,2-diphenylethylamino)-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-2-(4-oxidanylidene-4-phenyl-butanoyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinoline-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1LW1
分子量理論値: 644.802 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 116462
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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