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Structure paper

タイトルIdentifying the core genome of the nucleus-forming bacteriophage family and characterization of phage RAY.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2023
掲載日2023年2月25日
PubMed 要旨We recently discovered that some bacteriophages establish a nucleus-like replication compartment (phage nucleus), but the core genes that define nucleus-based phage replication and their phylogenetic ...We recently discovered that some bacteriophages establish a nucleus-like replication compartment (phage nucleus), but the core genes that define nucleus-based phage replication and their phylogenetic distribution were unknown. By studying phages that encode the major phage nucleus protein chimallin, including previously sequenced yet uncharacterized phages, we discovered that chimallin-encoding phages share a set of 72 highly conserved genes encoded within seven distinct gene blocks. Of these, 21 core genes are unique to this group, and all but one of these unique genes encode proteins of unknown function. We propose that phages with this core genome comprise a novel viral family we term Chimalliviridae. Fluorescence microscopy and cryo-electron tomography studies of phage vB_EamM_RAY confirm that many of the key steps of nucleus-based replication encoded in the core genome are conserved among diverse chimalliviruses, and reveal that non-core components can confer intriguing variations on this replication mechanism. For instance, unlike previously studied nucleus-forming phages, RAY doesn't degrade the host genome, and its PhuZ homolog appears to form a five-stranded filament with a lumen. This work expands our understanding of phage nucleus and PhuZ spindle diversity and function, providing a roadmap for identifying key mechanisms underlying nucleus-based phage replication.
リンクbioRxiv / PubMed:36865095 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度8.9 - 38.0 Å
構造データ

EMDB-27973: Erwinia amylovora 70S Ribosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-27993: Erwinia amlyavora 50S ribosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.1 Å

EMDB-28003: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Vertex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-28004: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Capsid Collar
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-28005: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Tail Sheath
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-28006: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Baseplate
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

EMDB-28007: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Chimallin
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28008: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28009: Pseudomonas chlororaphis phage 201phi2-1 PhuZ Filament
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-28010: Pseudomonas phage phiKZ PhuZ Filament
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

由来
  • Erwinia amylovora (バクテリア)
  • Erwinia phage vB_EamM_RAY (ファージ)
  • Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ)
  • Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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