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Structure paper

タイトルThe molecular basis of lamin-specific chromatin interactions.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 10, Page 1999-2011, Year 2025
掲載日2025年8月1日
著者Baihui Wang / Rafael Kronenberg-Tenga / Valentina Rosti / Emanuele Di Patrizio Soldateschi / Qiang Luo / Ugo Maria Iannacchero / Louise Pinet / Matthias Eibauer / Rajaa Boujemaa-Paterski / Benjamin Schuler / Chiara Lanzuolo / Ohad Medalia /
PubMed 要旨In the cell nucleus, chromatin is anchored to the nuclear lamina, a network of lamin filaments and binding proteins that underly the inner nuclear membrane. The nuclear lamina is involved in ...In the cell nucleus, chromatin is anchored to the nuclear lamina, a network of lamin filaments and binding proteins that underly the inner nuclear membrane. The nuclear lamina is involved in chromatin organization through the interaction of lamina-associated domains within the densely packed heterochromatin regions. Using cryo-focused ion beam milling in conjunction with cryo-electron tomography, we analyzed the distribution of nucleosomes at the lamin-chromatin interface at the nanometer scale. Depletion of lamins A and C reduced nucleosome concentration at the nuclear periphery, while B-type lamin depletion contributed to nucleosome density in proximity to the lamina but not further away. We then investigated whether specific lamins can mediate direct interactions with chromatin. Using cryo-electron microscopy, we identified a specific binding motif of the lamin A tail domain that interacts with nucleosomes, distinguishing it from the other lamin isoforms. Furthermore, we examined chromatin structure dynamics using a genome-wide analysis that revealed lamin-dependent macroscopic-scale alterations in gene expression and chromatin remodeling. Our findings provide detailed insights into the dynamic and structural interplay between lamin isoforms and chromatin, molecular interactions that shape chromatin architecture and epigenetic regulation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40750945 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.3 - 15.0 Å
構造データ

EMDB-19827: Tomogram of nuclear envlope of WT mouse embryonic fibroblast
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19828: Tomogram of nuclear envlope of LmnaKO mouse embryonic fibroblast
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19829: Tomogram of nuclear envlope of LBDKO mouse embryonic fibroblast
手法: EM (トモグラフィー)

50114

9f0o

EMDB-50114, PDB-9f0o:
The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interaction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-50291: The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interactions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-52630: MEF in-situ nucleosome consensus structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-52633: MEF in-situ nucleosome canonical structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.0 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / nucleosome lamin A specific binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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