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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Tomogram of nuclear envlope of WT mouse embryonic fibroblast | |||||||||
![]() | Tomogram of nuclear envelope in FIB-milled lamella of a WT mouse embryonic fibroblast | |||||||||
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![]() | Nucleosome / FIB-SEM / cryo-ET / Subtomogram-averaging / DNA / histones / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Kronenberg-Tenga R / Medalia O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lamins modulate chromatin organization from the nano- to macroscale 著者: Kronenberg-Tenga R / Rosti V / Di Patrizio Soldateschi E / Eibauer M / Lanzuolo C / Medalia O | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 226.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 203.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 501.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 500.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of nuclear envelope in FIB-milled lamella of a WT mouse embryonic fibroblast | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Nuclear envelope of FIB-milled lamellae of mouse embryonic fibroblasts
全体 | 名称: Nuclear envelope of FIB-milled lamellae of mouse embryonic fibroblasts |
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要素 |
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-超分子 #1: Nuclear envelope of FIB-milled lamellae of mouse embryonic fibroblasts
超分子 | 名称: Nuclear envelope of FIB-milled lamellae of mouse embryonic fibroblasts タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: PBS |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.02 / 集束イオンビーム - 時間: 360 / 集束イオンビーム - 温度: 118 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Auriga 40 CrossBeam. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 4.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: ![]() |
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