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万見
- EMDB-52633: MEF in-situ nucleosome canonical structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52633
タイトルMEF in-situ nucleosome canonical structure
マップデータMEF in-situ nucleosome canonical structure
試料
  • 複合体: Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts
キーワードMEF / nucleosome / NUCLEAR PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Eibauer M / Medalia O
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_207453 スイス
Swiss National Science Foundation310030_197776 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: The molecular basis of lamin-specific chromatin interactions.
著者: Baihui Wang / Rafael Kronenberg-Tenga / Valentina Rosti / Emanuele Di Patrizio Soldateschi / Qiang Luo / Ugo Maria Iannacchero / Louise Pinet / Matthias Eibauer / Rajaa Boujemaa-Paterski / ...著者: Baihui Wang / Rafael Kronenberg-Tenga / Valentina Rosti / Emanuele Di Patrizio Soldateschi / Qiang Luo / Ugo Maria Iannacchero / Louise Pinet / Matthias Eibauer / Rajaa Boujemaa-Paterski / Benjamin Schuler / Chiara Lanzuolo / Ohad Medalia /
要旨: In the cell nucleus, chromatin is anchored to the nuclear lamina, a network of lamin filaments and binding proteins that underly the inner nuclear membrane. The nuclear lamina is involved in ...In the cell nucleus, chromatin is anchored to the nuclear lamina, a network of lamin filaments and binding proteins that underly the inner nuclear membrane. The nuclear lamina is involved in chromatin organization through the interaction of lamina-associated domains within the densely packed heterochromatin regions. Using cryo-focused ion beam milling in conjunction with cryo-electron tomography, we analyzed the distribution of nucleosomes at the lamin-chromatin interface at the nanometer scale. Depletion of lamins A and C reduced nucleosome concentration at the nuclear periphery, while B-type lamin depletion contributed to nucleosome density in proximity to the lamina but not further away. We then investigated whether specific lamins can mediate direct interactions with chromatin. Using cryo-electron microscopy, we identified a specific binding motif of the lamin A tail domain that interacts with nucleosomes, distinguishing it from the other lamin isoforms. Furthermore, we examined chromatin structure dynamics using a genome-wide analysis that revealed lamin-dependent macroscopic-scale alterations in gene expression and chromatin remodeling. Our findings provide detailed insights into the dynamic and structural interplay between lamin isoforms and chromatin, molecular interactions that shape chromatin architecture and epigenetic regulation.
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52633.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52633.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MEF in-situ nucleosome canonical structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å		2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å		2.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 282.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-0.6959556 - 2.0937471
平均 (標準偏差)0.0005970867 (±0.14707631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 282.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half2 z flip

ファイルemd_52633_half_map_1.map
注釈half2_z_flip
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 z flip

ファイルemd_52633_half_map_2.map
注釈half1_z_flip
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts

全体名称: Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts
要素
  • 複合体: Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts

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超分子 #1: Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts

超分子名称: Native nucleosome of mouse embryonic fibroblasts / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: embryonic fibroblast / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 200 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta3)
詳細: Reference model EMD-33132, low-pass filtered to 40 A
使用したサブトモグラム数: 13255
抽出トモグラム数: 43 / 使用した粒子像数: 130000 / ソフトウェア - 名称: crYOLO (ver. 1.3)
CTF補正ソフトウェア: (名称: IMOD, RELION (ver. 5.0-beta3)) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類クラス数: 40 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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