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タイトルCryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 30, Page eadg7480, Year 2023
掲載日2023年7月28日
著者Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford /
PubMed 要旨The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle.
リンクSci Adv / PubMed:37506202 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.9 Å
構造データ

17224

8ovw

EMDB-17224, PDB-8ovw:
Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17225

8ovx

EMDB-17225, PDB-8ovx:
Cryo-EM structure of yeast CENP-OPQU+ bound to the CENP-A N-terminus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17226

8ow0

EMDB-17226, PDB-8ow0:
Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17227

8ow1

EMDB-17227, PDB-8ow1:
Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17368: Multibody map of the CENP-A nucleosome as part of the inner kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17371: Multibody map of CCAN(Topo) bound to CON3 DNA as part of the Inner kinetochore.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17372: Multibody map of CCAN(Non-Topo) bound to C0N3 DNA as part of the inner kinetochore.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-17374: Multibody map of CBF3:CENP-HIK as part of the inner kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17376: Consensus map of the yeast inner kinetochore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / kinetochore (動原体) / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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