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タイトルVisualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 614, Issue 7946, Page 160-167, Year 2023
掲載日2023年1月25日
著者Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster /
PubMed 要旨The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery.
リンクNature / PubMed:36697828 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度2.9 - 9.3 Å
構造データ

EMDB-15870, PDB-8b6l:
Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-15871: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Decoding-Sampling State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-15872: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Classical Pre+ State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-15873: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Classical Pre State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-15874: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Rotated-1 Pre+ State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-15875: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Rotated-1 Pre State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-15876: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Rotated-2 Pre State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-15877: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Translocation State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-15878: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Post State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-15879: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Non-Rotated Hibernating State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-15880: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Rotated Hibernating State
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-15884: Subtomogram Average of the Ribosome-Sec61-TRAP-OSTA-Translocon Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-15885: Subtomogram Average of the Ribosome-Sec61-TRAP-Translocon Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-15886: Subtomogram Average of the Ribosome-Sec61-TRAP-Multipass-Translocon Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-15887: Subtomogram Average of the Ribosome-Sec61-Multipass-Translocon Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-15888: Subtomogram Average of the Ribosome-EBP1 Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-15889: Subtomogram Average of the Idle Ribosome-Sec61-TRAP-OSTA-Translocon Complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.4 Å

EMDB-15890: Subtomogram Average of the Sec61-TRAP-OSTA Translocon
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-15891: Subtomogram Average of the Sec61-TRAP-OSTA-L1 Translocon
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-15892: Subtomogram Average of the Sec61-TRAP-OSTA-L2 Translocon
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-15893, PDB-8b6z:
CryoEM Structure of Extended eEF1A bound to the Ribosome in the Classical Pre State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane protein complex (生体膜) / protein translocation / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) / signal peptide insertion / RIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / protein biogenesis / elongation factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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