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タイトルCryo-EM structure of the human Kv3.1 channel reveals gating control by the cytoplasmic T1 domain.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 4087, Year 2022
掲載日2022年7月15日
著者Gamma Chi / Qiansheng Liang / Akshay Sridhar / John B Cowgill / Kasim Sader / Mazdak Radjainia / Pu Qian / Pablo Castro-Hartmann / Shayla Venkaya / Nanki Kaur Singh / Gavin McKinley / Alejandra Fernandez-Cid / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Nicola A Burgess-Brown / Lucie Delemotte / Manuel Covarrubias / Katharina L Dürr /
PubMed 要旨Kv3 channels have distinctive gating kinetics tailored for rapid repolarization in fast-spiking neurons. Malfunction of this process due to genetic variants in the KCNC1 gene causes severe epileptic ...Kv3 channels have distinctive gating kinetics tailored for rapid repolarization in fast-spiking neurons. Malfunction of this process due to genetic variants in the KCNC1 gene causes severe epileptic disorders, yet the structural determinants for the unusual gating properties remain elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the human Kv3.1a channel, revealing a unique arrangement of the cytoplasmic tetramerization domain T1 which facilitates interactions with C-terminal axonal targeting motif and key components of the gating machinery. Additional interactions between S1/S2 linker and turret domain strengthen the interface between voltage sensor and pore domain. Supported by molecular dynamics simulations, electrophysiological and mutational analyses, we identify several residues in the S4/S5 linker which influence the gating kinetics and an electrostatic interaction between acidic residues in α6 of T1 and R449 in the pore-flanking S6T helices. These findings provide insights into gating control and disease mechanisms and may guide strategies for the design of pharmaceutical drugs targeting Kv3 channels.
リンクNat Commun / PubMed:35840580 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.2 Å
構造データ

13416

7phh

EMDB-13416, PDB-7phh:
Human voltage-gated potassium channel Kv3.1 (apo condition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

13417

7phi

EMDB-13417, PDB-7phi:
Human voltage-gated potassium channel Kv3.1 (with Zn)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

13418

7phk

EMDB-13418, PDB-7phk:
Human voltage-gated potassium channel Kv3.1 in dimeric state (with Zn)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

13419

7phl

EMDB-13419, PDB-7phl:
Human voltage-gated potassium channel Kv3.1 (with EDTA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / ジパルミトイルホスファチジルコリン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Channel / potassium channel (カリウムチャネル) / tetramer (四量体) / voltage-gated (電位依存性イオンチャネル) / membrane protein (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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