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Structure paper

タイトルMechanistic insights into single-stranded DNA degradation by lysosomal exonucleases PLD3 and PLD4 from structural snapshots.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 11431, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Yoshinori Hirano / Wakiko Ezaki / Ryota Sato / Umeharu Ohto / Kensuke Miyake / Toshiyuki Shimizu /
PubMed 要旨Lysosomal exonuclease phospholipase D (PLD) family PLD3 and PLD4 degrade single-stranded RNA or DNA and regulate TLR7 or TLR9 responses. Polymorphisms of these enzymes are associated with human ...Lysosomal exonuclease phospholipase D (PLD) family PLD3 and PLD4 degrade single-stranded RNA or DNA and regulate TLR7 or TLR9 responses. Polymorphisms of these enzymes are associated with human diseases: PLD4 is associated with inflammatory diseases, and PLD3 is associated with neurodegenerative diseases. Here, we determine the structures of substrate-bound PLD3 and PLD4 by cryo-electron microscopy. Our structures reveal that PLD3 rebuilds a substrate-binding pocket, depending on the substrate, mainly via motion of the Phe335-containing loop. Furthermore, we captured the structure in a metastable state that appears during substrate rearrangement following product release. Together, our findings identify the residues that underlie the distinct activities of PLD3 and PLD4. This study provides a mechanistic basis for the exonuclease activity of PLD3 and PLD4 in single-stranded DNA degradation.
リンクNat Commun / PubMed:41381514 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.85 - 3.31 Å
構造データ

64921

9vbg

EMDB-64921, PDB-9vbg:
Cryo-EM structure of human PLD3 apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

64922

9vbh

EMDB-64922, PDB-9vbh:
Cryo-EM structure of human PLD3 bound to ssDNA (poly(T))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

64923

9vbi

EMDB-64923, PDB-9vbi:
Cryo-EM structure of PLD3 bound to ssDNA (poly(A))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

64924

9vbj

EMDB-64924, PDB-9vbj:
Cryo-EM structure of human PLD4 apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

64925

9vbk

EMDB-64925, PDB-9vbk:
Cryo-EM structure of human PLD4 bound to ssDNA (poly(T))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-T3P:
THYMIDINE-3'-PHOSPHATE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Exonuclease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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