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Structure paper

タイトルIsolation and escape mapping of broadly neutralizing antibodies against emerging delta-coronaviruses.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 57, Issue 12, Page 2914-22927.e7, Year 2024
掲載日2024年12月10日
著者Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / Miles S Dickinson / Joel Quispe / Jack T Brown / M Alejandra Tortorici / Kaitlin R Sprouse / Ashley L Taylor / Davide Corti / Tyler N Starr / Fabio Benigni / David Veesler /
PubMed 要旨Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are ...Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are approved for use in humans against PDCoV. To prepare for possible future PDCoV epidemics, we isolated PDCoV spike (S)-directed monoclonal antibodies (mAbs) from humanized mice and found that two, designated PD33 and PD41, broadly neutralized a panel of PDCoV variants. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of PD33 and PD41 in complex with the S receptor-binding domain (RBD) and ectodomain trimer revealed the epitopes recognized by these mAbs, rationalizing their broad inhibitory activity. We show that both mAbs competitively interfere with host aminopeptidase N binding to neutralize PDCoV and used deep-mutational scanning epitope mapping to associate RBD antigenic sites with mAb-mediated neutralization potency. Our results indicate a PD33-PD41 mAb cocktail may heighten the barrier to escape. PD33 and PD41 are candidates for clinical advancement against future PDCoV outbreaks.
リンクImmunity / PubMed:39488210 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.0 Å
構造データ

44103

9b2c

EMDB-44103, PDB-9b2c:
Structure of the Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

46804

9dez

EMDB-46804, PDB-9dez:
PDCoV S trimer bound by three copies of PD41 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

46805

9df0

EMDB-46805, PDB-9df0:
PDCoV S RBD bound to PD41 Fab (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-46806: PDCoV S SD2018/300 Apo (Class I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-46814: PDCoV S SD2018/300 with one PD41 Fab bound (Class II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-46815: PDCoV S SD2018/300 with one PD41 Fab bound (Class III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-46816: PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • porcine deltacoronavirus (ウイルス)
  • mus sp. (ネズミ)
  • lama glama (ラマ)
  • Deltacoronavirus PDCoV/USA/Illinois121/2014 (ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Spike glycoprotein / fusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / viral neutralization / inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN / coronavirus / spike / antibody / PDCoV / PD41 / complex / Fab / antigen

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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