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Structure paper

タイトルUnveiling the structural proteome of an Alzheimer's disease rat brain model.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 1, Page 51-61.e3, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Elnaz Khalili Samani / S M Naimul Hasan / Matthew Waas / Alexander F A Keszei / Xiaoxiao Xu / Mahtab Heydari / Mary Elizabeth Hill / JoAnne McLaurin / Thomas Kislinger / Mohammad T Mazhab-Jafari /
PubMed 要旨Studying native protein structures at near-atomic resolution in a crowded environment presents challenges. Consequently, understanding the structural intricacies of proteins within pathologically ...Studying native protein structures at near-atomic resolution in a crowded environment presents challenges. Consequently, understanding the structural intricacies of proteins within pathologically affected tissues often relies on mass spectrometry and proteomic analysis. Here, we utilized cryoelectron microscopy (cryo-EM) and the Build and Retrieve (BaR) method to investigate protein complexes' structural characteristics such as post-translational modification, active site occupancy, and arrested conformational state in Alzheimer's disease (AD) using brain lysate from a rat model (TgF344-AD). Our findings reveal novel insights into the architecture of these complexes, corroborated through mass spectrometry analysis. Interestingly, it has been shown that the dysfunction of these protein complexes extends beyond AD, implicating them in cancer, as well as other neurodegenerative disorders such as Parkinson's disease, Huntington's disease, and schizophrenia. By elucidating these structural details, our work not only enhances our understanding of disease pathology but also suggests new avenues for future approaches in therapeutic intervention.
リンクStructure / PubMed:39615488
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.73 - 4.24 Å
構造データ

45135

9c21

EMDB-45135, PDB-9c21:
Structure of endogenous Actin filament from rat model of Alzheimer's disease
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

45137

9c28

EMDB-45137: Structure of endogenous Actin filament from rat model of Alzheimer's disease
PDB-9c28: Structure of endogenous Glutamine synthetase from rat model of Alzheimer's disease
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

45183

9c4e

EMDB-45183, PDB-9c4e:
Structure of endogenous DPYSL2 from rat model of Alzheimer's disease
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

45298

9c86

EMDB-45298, PDB-9c86:
Structure of endogenous asymmetric DPYSL2 from rat model of Alzheimer's disease
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-47474: cryoEM map of endogenous V1 region of V-ATPase from rat model of Alzheimer's disease
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-GLY:
GLYCINE

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Contractile protein / cytoskeletal / LIGASE / Glutamine synthetase / NEUROPEPTIDE / Dihydropyrimidinase-related protein 2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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