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タイトルStructures of Mature and Urea-Treated Empty Bacteriophage T5: Insights into Siphophage Infection and DNA Ejection.
ジャーナル・号・ページInt J Mol Sci, Vol. 25, Issue 15, Year 2024
掲載日2024年8月3日
著者Yuning Peng / Huanrong Tang / Hao Xiao / Wenyuan Chen / Jingdong Song / Jing Zheng / Hongrong Liu /
PubMed 要旨T5 is a siphophage that has been extensively studied by structural and biochemical methods. However, the complete in situ structures of T5 before and after DNA ejection remain unknown. In this study, ...T5 is a siphophage that has been extensively studied by structural and biochemical methods. However, the complete in situ structures of T5 before and after DNA ejection remain unknown. In this study, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of mature T5 (a laboratory-adapted, fiberless T5 mutant) and urea-treated empty T5 (lacking the tip complex) at near-atomic resolutions. Atomic models of the head, connector complex, tail tube, and tail tip were built for mature T5, and atomic models of the connector complex, comprising the portal protein pb7, adaptor protein p144, and tail terminator protein p142, were built for urea-treated empty T5. Our findings revealed that the aforementioned proteins did not undergo global conformational changes before and after DNA ejection, indicating that these structural features were conserved among most myophages and siphophages. The present study elucidates the underlying mechanisms of siphophage infection and DNA ejection.
リンクInt J Mol Sci / PubMed:39126049 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.4 - 4.8 Å
構造データ

60511

8zvi

EMDB-60511, PDB-8zvi:
Structure of the bacteriophage T5 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

60672

9ilp

EMDB-60672, PDB-9ilp:
Structure of the bacteriophage T5 portal complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

60675

9ilv

EMDB-60675, PDB-9ilv:
Structure of the bacteriophage T5 connector complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

60689

9imh

EMDB-60689, PDB-9imh:
Structure of urea-treated empty bacteriophage T5 connector complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

60695

9imv

EMDB-60695, PDB-9imv:
Structure of the urea-treated empty bacteriophage T5 portal complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

60712

9iny

EMDB-60712, PDB-9iny:
Structure of bacteriophage T5 tail tube
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

60750

9ioz

EMDB-60750, PDB-9ioz:
Structure of the bacteriophage T5 tail tip complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

由来
  • escherichia phage t5 (ファージ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Complex / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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