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タイトルSpike structures, receptor binding, and immune escape of recently circulating SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 sub-variants.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 32, Issue 8, Page 1055-11067.e6, Year 2024
掲載日2024年8月8日
著者Linjie Li / Kaiyuan Shi / Yuhang Gu / Zepeng Xu / Chang Shu / Dedong Li / Junqing Sun / Mengqing Cong / Xiaomei Li / Xin Zhao / Guanghui Yu / Songnian Hu / Hui Tan / Jianxun Qi / Xiaopeng Ma / Kefang Liu / George F Gao /
PubMed 要旨The recently emerged BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 variants have a growth advantage. In this study, we explore the structural bases of receptor binding and immune evasion for the Omicron BA.2. ...The recently emerged BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 variants have a growth advantage. In this study, we explore the structural bases of receptor binding and immune evasion for the Omicron BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1, and HV.1 sub-variants. Our findings reveal that BA.2.86 exhibits strong receptor binding, whereas its JN.1 sub-lineage displays a decreased binding affinity to human ACE2 (hACE2). Through complex structure analyses, we observed that the reversion of R493Q in BA.2.86 receptor binding domain (RBD) plays a facilitating role in receptor binding, while the L455S substitution in JN.1 RBD restores optimal affinity. Furthermore, the structure of monoclonal antibody (mAb) S309 complexed with BA.2.86 RBD highlights the importance of the K356T mutation, which brings a new N-glycosylation motif, altering the binding pattern of mAbs belonging to RBD-5 represented by S309. These findings emphasize the importance of closely monitoring BA.2.86 and its sub-lineages to prevent another wave of SARS-CoV-2 infections.
リンクStructure / PubMed:39013463
手法EM (単粒子)
解像度2.61 - 3.31 Å
構造データ

38460

8xlv

EMDB-38460, PDB-8xlv:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 spike protein(6P), 1-RBD-up state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

38463

8xm5

EMDB-38463, PDB-8xm5:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5 spike protein(6P), RBD-closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

38476

8xmg

EMDB-38476, PDB-8xmg:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron HV.1 spike protein(6P), RBD-closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

38488

8xmt

EMDB-38488, PDB-8xmt:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 spike protein(6P), RBD-closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

38495

8xn2

EMDB-38495, PDB-8xn2:
SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 RBD in complex with human ACE2 (local refined from the spike protein)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

38496

8xn3

EMDB-38496, PDB-8xn3:
SARS-CoV-2 Omicron HV.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement from the spike protein)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

38498

8xn5

EMDB-38498, PDB-8xn5:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 spike protein(6P) in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

38502

8xnf

EMDB-38502, PDB-8xnf:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 spike protein(6P) in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

38505

8xnk

EMDB-38505, PDB-8xnk:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron HV.1 spike protein(6P) in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

38826

8y16

EMDB-38826, PDB-8y16:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 spike protein in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

38827

8y18

EMDB-38827, PDB-8y18:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement from the spike protein)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

38937

8y5j

EMDB-38937, PDB-8y5j:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 spike protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

38983

8y6a

EMDB-38983, PDB-8y6a:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 RBD in complex with human ACE2 and S309 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / BA.2.86 / spike protein / EG.5 / HV.1 / EG.5.1 / HYDROLASE/VIRAL PROTEIN / human ACE2 / RBD / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex / JN.1 / VIRUS / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / S309 / hACE2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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