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タイトルMechanical activation opens a lipid-lined pore in OSCA ion channels.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 628, Issue 8009, Page 910-918, Year 2024
掲載日2024年4月3日
著者Yaoyao Han / Zijing Zhou / Ruitao Jin / Fei Dai / Yifan Ge / Xisan Ju / Xiaonuo Ma / Sitong He / Ling Yuan / Yingying Wang / Wei Yang / Xiaomin Yue / Zhongwen Chen / Yadong Sun / Ben Corry / Charles D Cox / Yixiao Zhang /
PubMed 要旨OSCA/TMEM63 channels are the largest known family of mechanosensitive channels, playing critical roles in plant and mammalian mechanotransduction. Here we determined 44 cryogenic electron microscopy ...OSCA/TMEM63 channels are the largest known family of mechanosensitive channels, playing critical roles in plant and mammalian mechanotransduction. Here we determined 44 cryogenic electron microscopy structures of OSCA/TMEM63 channels in different environments to investigate the molecular basis of OSCA/TMEM63 channel mechanosensitivity. In nanodiscs, we mimicked increased membrane tension and observed a dilated pore with membrane access in one of the OSCA1.2 subunits. In liposomes, we captured the fully open structure of OSCA1.2 in the inside-in orientation, in which the pore shows a large lateral opening to the membrane. Unusually for ion channels, structural, functional and computational evidence supports the existence of a 'proteo-lipidic pore' in which lipids act as a wall of the ion permeation pathway. In the less tension-sensitive homologue OSCA3.1, we identified an 'interlocking' lipid tightly bound in the central cleft, keeping the channel closed. Mutation of the lipid-coordinating residues induced OSCA3.1 activation, revealing a conserved open conformation of OSCA channels. Our structures provide a global picture of the OSCA channel gating cycle, uncover the importance of bound lipids and show that each subunit can open independently. This expands both our understanding of channel-mediated mechanotransduction and channel pore formation, with important mechanistic implications for the TMEM16 and TMC protein families.
リンクNature / PubMed:38570680
手法EM (単粒子)
解像度3.11 - 6.28 Å
構造データ

EMDB-38200, PDB-8xaj:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-liposome-inside-in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-38503, PDB-8xng:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-liposome-inside-out closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-38611, PDB-8xry:
Cryo-EM structure of OSCA3.1-1.1ver(Y367N-G454S-Y458I)-open/open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

EMDB-38612, PDB-8xs0:
Cryo-EM structure of OSCA3.1-1.1ver(Y367N-G454S-Y458I)-open/'desensitized' state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-38614, PDB-8xs4:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:20-contracted1 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-38615, PDB-8xs5:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:20-contracted2 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-38721, PDB-8xvx:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:20-expanded state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-38722: Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:50-betaCD state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.28 Å

EMDB-38723, PDB-8xvy:
Cryo-EM structure of OSCA3.1-2E(R611E-R619E)-closed/open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-38724, PDB-8xvz:
Cryo-EM structure of OSCA3.1-2E(R611E-R619E)-closed/'desensitized' state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

EMDB-38725, PDB-8xw0:
Cryo-EM structure of OSCA3.1-GDN state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-38726: Cryo-EM structure of OSCA3.1-liposome-inside-in state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

EMDB-38727, PDB-8xw1:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-V335W-DDM state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.49 Å

EMDB-38728, PDB-8xw2:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:50-contracted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-38729, PDB-8xw3:
Cryo-EM structure of OSCA1.2-DOPC-1:50-expanded state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-38730, PDB-8xw4:
Cryo-EM structure of TMEM63B-Digitonin state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

化合物

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン / ホスファチジルセリン

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / OSCA/TMEM63 channel / mechanosensitive channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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