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タイトルIntracellular Ebola virus nucleocapsid assembly revealed by in situ cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 20, Page 5587-5603.e19, Year 2024
掲載日2024年10月3日
著者Reika Watanabe / Dawid Zyla / Diptiben Parekh / Connor Hong / Ying Jones / Sharon L Schendel / William Wan / Guillaume Castillon / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the ...Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the viral genome, together with the viral proteins VP24 and VP35. We employed cryo-electron tomography of cells transfected with viral proteins and infected with model Ebola virus to illuminate assembly intermediates, as well as a 9 Å map of the complete intracellular assembly. This structure reveals a previously unresolved third and outer layer of NP complexed with VP35. The intrinsically disordered region, together with the C-terminal domain of this outer layer of NP, provides the constant width between intracellular nucleocapsid bundles and likely functions as a flexible tether to the viral matrix protein in the virion. A comparison of intracellular nucleocapsids with prior in-virion nucleocapsid structures reveals that the nucleocapsid further condenses vertically in the virion. The interfaces responsible for nucleocapsid assembly are highly conserved and offer targets for broadly effective antivirals.
リンクCell / PubMed:39293445 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度7.3 - 17.57 Å
構造データ

42509

8usn

EMDB-42509, PDB-8usn:
Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-42515: Intracellular Ebola nucleocapsid-like structure obtained from cells expressing NP, VP24 and VP35 at 17.6 angstrom
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.57 Å

PDB-8ust:
In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 7.3 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
  • zaire (エボラウイルス)
  • ebola virus - mayinga (エボラウイルス)
  • zaire, 1976
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleoprotein / nucleocapsid / Ebola virus / EBOV / filovirus / subtomogram averaging / cryo-ET / FIB / intracellular / in situ / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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