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Structure paper

タイトルStructures of synaptic vesicle protein 2A and 2B bound to anticonvulsants.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年6月19日
著者Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / Michel Gillard / Peter S Horanyi / Jonathan A Coleman /
PubMed 要旨Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane ...Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane protein found in the synaptic vesicles of neurons called synaptic vesicle protein 2 (SV2) A (SV2A). SV2A belongs to an orphan subfamily of the solute carrier 22 organic ion transporter family that also includes SV2B and SV2C. The molecular basis for how anti-seizure medications act on SV2s remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of SV2A and SV2B captured in a luminal-occluded conformation complexed with anticonvulsant ligands. The conformation bound by anticonvulsants resembles an inhibited transporter with closed luminal and intracellular gates. Anticonvulsants bind to a highly conserved central site in SV2s. These structures provide blueprints for future drug design and will facilitate future investigations into the biological function of SV2s.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38898101
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.8 Å
構造データ

42430

8uo8

EMDB-42430, PDB-8uo8:
Structure of synaptic vesicle protein 2B with padsevonil
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

42431

8uo9

EMDB-42431, PDB-8uo9:
Structure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

42432

8uoa

EMDB-42432, PDB-8uoa:
Structure of the synaptic vesicle protein 2A Luminal domain in complex with a nanobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


化合物 画像なし

ChemComp-X3U:
Unknown entry

ChemComp-PS1:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

ChemComp-43Y:
[(2R)-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] propanoate / [O-(1-O,2-O-ジプロピオニル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-HOH:
WATER


化合物 画像なし

ChemComp-X49:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Synaptic vesicle / SLC22 / Inhibitor / Antiepileptic / Nanobody / AEDs

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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