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Structure paper

タイトルTranscription termination factor ρ polymerizes under stress.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2023
掲載日2023年8月18日
著者Bing Wang / Nelly Said / Tarek Hilal / Mark Finazzo / Markus C Wahl / Irina Artsimovitch /
PubMed 要旨Bacterial RNA helicase ρ is a genome sentinel that terminates synthesis of damaged and junk RNAs that are not translated by the ribosome. Co-transcriptional RNA surveillance by ρ is essential for ...Bacterial RNA helicase ρ is a genome sentinel that terminates synthesis of damaged and junk RNAs that are not translated by the ribosome. Co-transcriptional RNA surveillance by ρ is essential for quality control of the transcriptome during optimal growth. However, it is unclear how bacteria protect their RNAs from overzealous ρ during dormancy or stress, conditions common in natural habitats. Here we used cryogenic electron microscopy, biochemical, and genetic approaches to show that residue substitutions, ADP, or ppGpp promote hyper-oligomerization of ρ. Our results demonstrate that nucleotides bound at subunit interfaces control ρ switching from active hexamers to inactive higher-order oligomers and extended filaments. Polymers formed upon exposure to antibiotics or ppGpp disassemble when stress is relieved, thereby directly linking termination activity to cellular physiology. Inactivation of ρ through hyper-oligomerization is a regulatory strategy shared by RNA polymerases, ribosomes, and metabolic enzymes across all life.
リンクbioRxiv / PubMed:37645988 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度2.63 - 3.5 Å
構造データ

18130

8q3n

EMDB-18130, PDB-8q3n:
Bacterial transcription termination factor Rho + ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

18131

8q3o

EMDB-18131, PDB-8q3o:
Bacterial transcription termination factor Rho + pppGpp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

18132

8q3p

EMDB-18132, PDB-8q3p:
Bacterial transcription termination factor Rho G150D mutant
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

18133

8q3q

EMDB-18133, PDB-8q3q:
Bacterial transcription termination factor Rho G152D mutant
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-0O2:
guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) / pppGpp

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia (エスケリキア属)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Rho / termination

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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