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タイトルIntegrated cryoEM structure of a spumaretrovirus reveals cross-kingdom evolutionary relationships and the molecular basis for assembly and virus entry.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 16, Page 4213-4230.e19, Year 2024
掲載日2024年8月8日
著者Thomas Calcraft / Nicole Stanke-Scheffler / Andrea Nans / Dirk Lindemann / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /
PubMed 要旨Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates ...Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates for gene and oncolytic therapies. Structural studies of PFV contribute to the understanding of the mechanisms of FV replication, cell entry and infection, and retroviral evolution. Here we combine cryoEM and cryoET to determine high-resolution in situ structures of the PFV icosahedral capsid (CA) and envelope glycoprotein (Env), including its type III transmembrane anchor and membrane-proximal external region (MPER), and show how they are organized in an integrated structure of assembled PFV particles. The atomic models reveal an ancient retroviral capsid architecture and an unexpected relationship between Env and other class 1 fusion proteins of the Mononegavirales. Our results represent the de novo structure determination of an assembled retrovirus particle.
リンクCell / PubMed:39013471
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度2.91 - 13.5 Å
構造データ

EMDB-17309, PDB-8ozh:
In situ cryoEM structure of Prototype Foamy Virus Env trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-17311, PDB-8ozj:
In situ cryoEM structure of Prototype Foamy Virus Env dimer of trimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17312, PDB-8ozk:
In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, icosahedral map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-17313, PDB-8ozl:
In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, pentamer localised reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-17314, PDB-8ozm:
In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hexamer 1 localised reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-17315, PDB-8ozn:
In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hexamer 2 localised reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-17316: In situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env trimer
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-17317, PDB-8ozp:
In situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env pentamer of trimers
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.9 Å

EMDB-17318, PDB-8ozq:
In situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env hexamer of trimers
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-17319: In situ subtomogram average of the Prototype Foamy Virus capsid, wild-type Gag
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-17320: In situ subtomogram average of the Prototype Foamy Virus capsid, p68 Gag
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.5 Å

EMDB-17321: Cryotomogram of Prototype Foamy Virus particles, wild-type Gag
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-17322: Cryotomogram of Prototype Foamy Virus particles, p68 Gag
手法: EM (トモグラフィー)

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

由来
  • eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane fusion / envelope glycoprotein / foamy virus / MPER / transmembrane / MEMBRANE PROTEIN / capsid / Gag / pentamer / hexamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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