[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルAnalysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 10, Issue Pt 1, Page 27-37, Year 2023
掲載日2023年1月1日
著者Jan Philip Wieferig / Werner Kühlbrandt /
PubMed 要旨Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain ...Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain towards the electron acceptor cytochrome c. We present cryo-EM structures of CIII from Yarrowia lipolytica at resolutions up to 2.0 Å under different conditions, with different redox states of the cofactors of the high-potential chain. All possible permutations of three primary positions were observed, indicating that the two halves of the dimeric complex act independently. Addition of the substrate analogue decylubiquinone to CIII with a reduced high-potential chain increased the occupancy of the Q site. The extent of Rieske domain interactions through hydrogen bonds to the cytochrome b and cytochrome c subunits varied depending on the redox state and substrate. In the absence of quinols, the reduced Rieske domain interacted more closely with cytochrome b and cytochrome c than in the oxidized state. Upon addition of the inhibitor antimycin A, the heterogeneity of the cd-helix and ef-loop increased, which may be indicative of a long-range effect on the Rieske domain.
リンクIUCrJ / PubMed:36598500 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-15312, PDB-8ab6:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, combined datasets, consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

EMDB-15313, PDB-8ab7:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, atovaquone and antimycin A bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15314, PDB-8ab8:
Complex III2, b-position, with decylubiquinone and ascorbate-reduced
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-15315, PDB-8ab9:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, ascorbate-reduced, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15316, PDB-8aba:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, ascorbate-reduced, int-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-15317, PDB-8abb:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, ascorbate-reduced, c-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-15318, PDB-8abe:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, oxidised with ferricyanide, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-15319, PDB-8abf:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, oxidised with ferricyanide, int-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-15320, PDB-8abg:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, oxidised with ferricyanide, c-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-15321, PDB-8abh:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, antimycin A bound, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-15322, PDB-8abi:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica,antimycin A bound, int-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-15323, PDB-8abj:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, antimycin A bound, c-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-15324, PDB-8abk:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, decylubiquinol bound, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-15325, PDB-8abl:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol and antimycin A, consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-15326, PDB-8abm:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, apo, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-15332, PDB-8ac3:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, apo, int-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-15333, PDB-8ac4:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, apo, c-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-15334, PDB-8ac5:
Complex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol, oxidised, b-position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-XP4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / DMPA, リン脂質*YM

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-AWB:
[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 3-methylbutanoate / アンチマイシンA1b

ChemComp-AOQ:
2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / アトバコン / 薬剤, Antimicrobial*YM

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-DCQ:
2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / デシルユビキノン

由来
  • yarrowia lipolytica (酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / oxidoreductase / electron transport chain / inhibitor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る