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タイトルA checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 11, Page 2198-2232, Year 2024
掲載日2024年4月22日
著者Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich /
PubMed 要旨Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier.
リンクEMBO J / PubMed:38649536 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.41 - 4.4 Å
構造データ

EMDB-14849: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
PDB-7zox: Nup93 in complex with xhNup93-Nb4i and xNup93-Nb2t
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

PDB-7now:
Complex of Nucleoporin-98 and nanobody MS98-27 solved at 1.85A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-7nqa:
Crystal structure of Nucleoporin-98 nanobody MS98-6 complex solved at 2.2A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-8cds:
Crystal structure of the xhNup93-Nb4i VHH antibody
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-8cdt:
Crystal structure of the xNup93-Nb2t VHH antibody
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-8ozb:
Crystal structure of Nup35-Nb complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM / トリスヒドロキシメチルアミノメタン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

由来
  • Xenopus laevis, Vicugna pacos
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • vicugna pacos (アルパカ)
  • xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
  • lama glama (ラマ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nup98 / Nanobody (ナノボディ) / complex / NUP93 / Nuclearporin / inhibitory NB / tracking NB / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / inhibitory VHH antibody / VHH antibody / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Nuclear pore complex Nanobody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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