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タイトルConformational changes in mitochondrial complex I of the thermophilic eukaryote .
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 47, Page eadc9952, Year 2022
掲載日2022年11月25日
著者Eike Laube / Jakob Meier-Credo / Julian D Langer / Werner Kühlbrandt /
PubMed 要旨Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. ...Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. We report the structure of complex I from the thermophilic fungus , determined by cryoEM up to 2.4-Å resolution. We show that the complex undergoes a transition between two conformations, which we refer to as state 1 and state 2. The conformational switch is manifest in a twisting movement of the peripheral arm relative to the membrane arm, but most notably in substantial rearrangements of the Q-binding cavity and the E-channel, resulting in a continuous aqueous passage from the E-channel to subunit ND5 at the far end of the membrane arm. The conformational changes in the complex interior resemble those reported for mammalian complex I, suggesting a highly conserved, universal mechanism of coupling electron transport to proton pumping.
リンクSci Adv / PubMed:36427319 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.44 - 2.83 Å
構造データ

EMDB-14791, PDB-7zm7:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (inhibited by DDM)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-14792, PDB-7zm8:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (inhibited by DDM) - membrane arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-14794, PDB-7zmb:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-14796, PDB-7zme:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 2) - membrane arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-14797, PDB-7zmg:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

EMDB-14798, PDB-7zmh:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 1) - membrane arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

化合物

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

由来
  • chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495 (菌類)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Proton transporter / Mitochondrial membrane protein / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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