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タイトルStructural insights into broadly neutralizing antibodies elicited by hybrid immunity against SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページEmerg Microbes Infect, Vol. 12, Issue 1, Page 2146538, Year 2023
掲載日2023年1月5日
著者Mengxiao Luo / Biao Zhou / Eswar R Reddem / Bingjie Tang / Bohao Chen / Runhong Zhou / Hang Liu / Lihong Liu / Phinikoula S Katsamba / Ka-Kit Au / Hiu-On Man / Kelvin Kai-Wang To / Kwok-Yung Yuen / Lawrence Shapiro / Shangyu Dang / David D Ho / Zhiwei Chen /
PubMed 要旨Increasing spread by SARS-CoV-2 Omicron variants challenges existing vaccines and broadly reactive neutralizing antibodies (bNAbs) against COVID-19. Here we determine the diversity, potency, breadth ...Increasing spread by SARS-CoV-2 Omicron variants challenges existing vaccines and broadly reactive neutralizing antibodies (bNAbs) against COVID-19. Here we determine the diversity, potency, breadth and structural insights of bNAbs derived from memory B cells of BNT162b2-vaccinee after homogeneous Omicron BA.1 breakthrough infection. The infection activates diverse memory B cell clonotypes for generating potent class I/II and III bNAbs with new epitopes mapped to the receptor-binding domain (RBD). The top eight bNAbs neutralize wildtype and BA.1 potently but display divergent IgH/IgL sequences and neuralization profiles against other variants of concern (VOCs). Two of them (P2D9 and P3E6) belonging to class III NAbs display comparable potency against BA.4/BA.5, although structural analysis reveals distinct modes of action. P3E6 neutralizes all variants tested through a unique bivalent interaction with two RBDs. Our findings provide new insights into hybrid immunity on BNT162b2-induced diverse memory B cells in response to Omicron breakthrough infection for generating diverse bNAbs with distinct structural basis.
リンクEmerg Microbes Infect / PubMed:36354024 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.2 - 4 Å
構造データ

27775

8dxs

EMDB-27775, PDB-8dxs:
Cryo-EM structure of RBD-directed neutralizing antibody P2B4 in complex with prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

33892

7ykj

EMDB-33892: Omicron spike trimer bound with P3E6 (Local Refinement)
PDB-7ykj: Omicron RBDs bound with P3E6 Fab (one up and one down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-33893: Omicron Spike trimer bound with up P3E6 Fab (2 RBDs up and 1 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-33894: Omicron Spike trimer bound with side P3E6 Fab (1 RBD up and 2 RBDs down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

PDB-8dw9:
Crystal structure of neutralizing antibody D29 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.0 Å

PDB-8dwa:
Crystal structure of neutralizing antibody P1D9 Fab in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / P3E6 / Omicron / spike protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SarbecoVirus / WIV1 RBD / Spike glycoprotein / Receptor Binding Protein / Neutralizing antibody / potent / 10-40 / Fab / SARS-CoV-2 / RBD / 10-28 / Fusion protein / RBD-directed antibody / P2B4 / IMMUNE SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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