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Structure paper

タイトルStructural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 12, Page 1970-11982.e6, Year 2023
掲載日2023年6月15日
著者Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / David Wheeler / Yawen Bai /
PubMed 要旨Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of ...Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of how pioneer factors recognize the in vivo nucleosomal DNA targets is unknown. Here, we determine the high-resolution structures of the nucleosome containing human LIN28B DNA and its complexes with the OCT4 DNA binding region. Three OCT4s bind the pre-positioned nucleosome by recognizing non-canonical DNA sequences. Two use their POUS domains while the other uses the POUS-loop-POUHD region; POUHD serves as a wedge to unwrap ∼25 base pair DNA. Our analysis of previous genomic data and determination of the ESRRB-nucleosome-OCT4 structure confirmed the generality of these structural features. Moreover, biochemical studies suggest that multiple OCT4s cooperatively open the H1-condensed nucleosome array containing the LIN28B nucleosome. Thus, our study suggests a mechanism of how OCT4 can target the nucleosome and open closed chromatin.
リンクMol Cell / PubMed:37327775 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 7.9 Å
構造データ

26258

7u0g

EMDB-26258, PDB-7u0g:
structure of LIN28b nucleosome bound 3 OCT4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

26260

7u0i

EMDB-26260, PDB-7u0i:
Structure of LIN28b nucleosome bound 2 OCT4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

26261

7u0j

EMDB-26261, PDB-7u0j:
Structure of 162bp LIN28b nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

27483

8dk5

EMDB-27483, PDB-8dk5:
Structure of 187bp LIN28b nucleosome with site 0 mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

40683

8sps

EMDB-40683, PDB-8sps:
High resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40684: Low resolution reconstruction of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

40686

8spu

EMDB-40686, PDB-8spu:
Structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site c
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-40691: Focused classification of site c OCT4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / nucleosome / transcription factor / transcription / CHROMATIN BINDING PROTEIN-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex / GENE REGULATION

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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