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タイトルStructural characterization of the Myxococcus xanthus encapsulin and ferritin-like cargo system gives insight into its iron storage mechanism.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 30, Issue 4, Page 551-563.e4, Year 2022
掲載日2022年4月7日
著者Elif Eren / Bing Wang / Dennis C Winkler / Norman R Watts / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield /
PubMed 要旨Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical ...Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical applications. Encapsulin shell proteins are structurally similar to HK97 bacteriophage capsid protein and their function depends on the encapsulated cargos. The Myxococcus xanthus encapsulin system comprises EncA and three cargos: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC are similar to bacterial ferritins that can oxidize Fe to less toxic Fe. We analyzed EncA, EncB, and EncC by cryo-EM and X-ray crystallography. Cryo-EM shows that EncA cages can have T = 3 and T = 1 symmetry and that EncA T = 1 has a unique protomer arrangement. Also, we define EncB and EncC binding sites on EncA. X-ray crystallography of EncB and EncC reveals conformational changes at the ferroxidase center and additional metal binding sites, suggesting a mechanism for Fe oxidation and storage within the encapsulin shell.
リンクStructure / PubMed:35150605 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.86 - 3.45 Å
構造データ

24814

7s20

EMDB-24814, PDB-7s20:
M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

24815

7s21

EMDB-24815, PDB-7s21:
M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

24816

7s2t

EMDB-24816, PDB-7s2t:
M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

24832

7s4q

EMDB-24832, PDB-7s4q:
M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

PDB-7s5c:
M. xanthus ferritin-like protein EncB
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-7s5k:
M. xanthus ferritin-like protein EncB
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-7s8t:
M. xanthus ferritin-like protein EncC
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • myxococcus xanthus (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / nanocage / encapsulin / iron storage / bacterial nano-compartment / CYTOSOLIC PROTEIN / cargo protein / encapsulated ferritin / ferroxidase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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