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タイトルStructure of the FA core ubiquitin ligase closing the ID clamp on DNA.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 3, Page 300-309, Year 2021
掲載日2021年3月8日
著者Shengliu Wang / Renjing Wang / Christopher Peralta / Ayat Yaseen / Nikola P Pavletich /
PubMed 要旨The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates ...The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates the FANCI-FANCD2 (ID) DNA clamp. The 3.1 Å structure of the 1.1-MDa human FA core complex, described here, reveals an asymmetric assembly with two copies of all but the FANCC, FANCE and FANCF subunits. The asymmetry is crucial, as it prevents the binding of a second FANCC-FANCE-FANCF subcomplex that inhibits the recruitment of the UBE2T ubiquitin conjugating enzyme, and instead creates an ID binding site. A single active site then ubiquitinates FANCD2 and FANCI sequentially. We also present the 4.2-Å structures of the human core-UBE2T-ID-DNA complex in three conformations captured during monoubiquitination. They reveal the core-UBE2T complex remodeling the ID-DNA complex, closing the clamp on the DNA before ubiquitination. Monoubiquitination then prevents clamp opening after release from the core.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33686268 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.4 Å
構造データ

23085

7kzp

EMDB-23085, PDB-7kzp:
Structure of the human Fanconi anaemia Core complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

23086

7kzq

EMDB-23086, PDB-7kzq:
Structure of the human Fanconi anaemia Core-ID complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

23087

7kzr

EMDB-23087, PDB-7kzr:
Structure of the human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

23088

7kzs

EMDB-23088, PDB-7kzs:
Structure of the human fanconi anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

23089

7kzt

EMDB-23089, PDB-7kzt:
Structure of the human fanconi anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex in intermediate state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

23090

7kzv

EMDB-23090, PDB-7kzv:
Structure of the human fanconi anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex in closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • Human (ヒト)
キーワードLIGASE / Complex / LIGASE/DNA / LIGASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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