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- EMDB-23090: Structure of the human fanconi anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23090
タイトルStructure of the human fanconi anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex in closed state
マップデータcomposite REFMAC5 map (masked) used in coordinate refinement
試料
  • 複合体: Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードComplex / LIGASE / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of germ cell proliferation / regulation of CD40 signaling pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / protein K27-linked ubiquitination / regulation of regulatory T cell differentiation / protein K29-linked ubiquitination / male meiotic nuclear division / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis ...regulation of germ cell proliferation / regulation of CD40 signaling pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / protein K27-linked ubiquitination / regulation of regulatory T cell differentiation / protein K29-linked ubiquitination / male meiotic nuclear division / gamete generation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / protein K6-linked ubiquitination / brain morphogenesis / protein K11-linked ubiquitination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA repair complex / myeloid cell homeostasis / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / female gonad development / spermatid development / germ cell development / ubiquitin conjugating enzyme activity / homeostasis of number of cells / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / interstrand cross-link repair / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / ovarian follicle development / condensed chromosome / DNA polymerase binding / removal of superoxide radicals / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / mitochondrion organization / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Fanconi Anemia Pathway / response to radiation / RING-type E3 ubiquitin transferase / PKR-mediated signaling / male gonad development / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / regulation of cell population proliferation / chromosome / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / regulation of inflammatory response / gene expression / damaged DNA binding / nuclear speck / nuclear body / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fanconi anaemia group C protein / Fanconi anemia-associated protein of 100kDa / Fanconi anemia group B protein / Fanconi anemia group G protein / Fanconi anaemia group C protein / Fanconi anemia-associated / Fanconi Anaemia group E protein, C-terminal / Fanconi anemia group F protein / FANCF, C-terminal domain superfamily / Fanconi anemia group E protein ...Fanconi anaemia group C protein / Fanconi anemia-associated protein of 100kDa / Fanconi anemia group B protein / Fanconi anemia group G protein / Fanconi anaemia group C protein / Fanconi anemia-associated / Fanconi Anaemia group E protein, C-terminal / Fanconi anemia group F protein / FANCF, C-terminal domain superfamily / Fanconi anemia group E protein / Fanconi anemia group F protein (FANCF) / Fanconi Anaemia group E protein FANCE / Fanconi anaemia group A protein / Fanconi anaemia group A protein, N-terminal domain / : / : / : / Fanconi anaemia group A protein C-terminal domain / Fanconi anaemia group A protein N terminus / FANCA helical domain / FANCA arcN subdomain / Fanconi anemia complex, subunit FancL, WD-repeat containing domain / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / FANCL C-terminal domain / FANCL, UBC-like domain 3 superfamily / FANCL, UBC-like domain 2 / FANCL, UBC-like domain 3 / FANCL UBC-like domain 1 / FANCL C-terminal domain / FANCL UBC-like domain 2 / FANCL UBC-like domain 3 / FANCL C-terminal domain / Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia, complementation group I / Fanconi anemia group G protein / Fanconi anemia group A protein / Fanconi anemia group C protein / Fanconi anemia core complex-associated protein 100 / Fanconi anemia group B protein / Fanconi anemia group D2 protein / Fanconi anemia group E protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T / Fanconi anemia group F protein / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Wang SL / Pavletich NP
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the FA core ubiquitin ligase closing the ID clamp on DNA.
著者: Shengliu Wang / Renjing Wang / Christopher Peralta / Ayat Yaseen / Nikola P Pavletich /
要旨: The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates ...The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates the FANCI-FANCD2 (ID) DNA clamp. The 3.1 Å structure of the 1.1-MDa human FA core complex, described here, reveals an asymmetric assembly with two copies of all but the FANCC, FANCE and FANCF subunits. The asymmetry is crucial, as it prevents the binding of a second FANCC-FANCE-FANCF subcomplex that inhibits the recruitment of the UBE2T ubiquitin conjugating enzyme, and instead creates an ID binding site. A single active site then ubiquitinates FANCD2 and FANCI sequentially. We also present the 4.2-Å structures of the human core-UBE2T-ID-DNA complex in three conformations captured during monoubiquitination. They reveal the core-UBE2T complex remodeling the ID-DNA complex, closing the clamp on the DNA before ubiquitination. Monoubiquitination then prevents clamp opening after release from the core.
履歴
登録2020年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kzv
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23090.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite REFMAC5 map (masked) used in coordinate refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 473.088 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 473.088 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 473.088 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.023198228 - 0.049266726
平均 (標準偏差)0.0000021060175 (±0.0011263294)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 473.088 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z473.088473.088473.088
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0230.0490.000

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添付データ

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追加マップ: focus1: reconstruction (masked) focused at FANCC-Entd-F-L-G and FANCB-FAAP100...

ファイルemd_23090_additional_1.map
注釈focus1: reconstruction (masked) focused at FANCC-Entd-F-L-G and FANCB-FAAP100 WD40 domains postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: consensus reconstruction postprocessed with relion

ファイルemd_23090_additional_2.map
注釈consensus reconstruction postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus2: reconstruction (masked) focused at FANCA' NTD, FANCG'-Ectd-L',...

ファイルemd_23090_additional_3.map
注釈focus2: reconstruction (masked) focused at FANCA' NTD, FANCG'-Ectd-L', FANCB-FAAP100 dimer of heterodimers, the ID-DNA complex and UBE2T postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus3: reconstruction (masked) focused at FANCA-A' dimer and...

ファイルemd_23090_additional_4.map
注釈focus3: reconstruction (masked) focused at FANCA-A' dimer and FANCG' postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus4: reconstruction (masked) focused at FANCEctd-FANCL', the ID-DNA...

ファイルemd_23090_additional_5.map
注釈focus4: reconstruction (masked) focused at FANCEctd-FANCL', the ID-DNA complex and UBE2T postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focus4 Ubiquitin plus: reconstruction (masked) focused at FANCEctd-FANCL', the ID-DNA...

ファイルemd_23090_additional_6.map
注釈focus4_Ubiquitin_plus: reconstruction (masked) focused at FANCEctd-FANCL', the ID-DNA complex and UBE2T-Ubiquitin postprocessed with relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex

全体名称: Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex
要素
  • 複合体: Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group A protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group B protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group C protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group E protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group F protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group G protein
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase FANCL
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia core complex-associated protein 100
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia core complex-associated protein 20
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia, complementation group I
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex

超分子名称: Human Fanconi Anaemia Core-UBE2T-ID-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.4 MDa

+
分子 #1: Fanconi anemia group A protein

分子名称: Fanconi anemia group A protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 165.513016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSDSWVPNSA SGQDPGGRRR AWAELLAGRV KREKYNPERA QKLKESAVRL LRSHQDLNAL LLEVEGPLCK KLSLSKVIDC DSSEAYANH SSSFIGSALQ DQASRLGVPV GILSAGMVAS SVGQICTAPA ETSHPVLLTV EQRKKLSSLL EFAQYLLAHS M FSRLSFCQ ...文字列:
MSDSWVPNSA SGQDPGGRRR AWAELLAGRV KREKYNPERA QKLKESAVRL LRSHQDLNAL LLEVEGPLCK KLSLSKVIDC DSSEAYANH SSSFIGSALQ DQASRLGVPV GILSAGMVAS SVGQICTAPA ETSHPVLLTV EQRKKLSSLL EFAQYLLAHS M FSRLSFCQ ELWKIQSSLL LEAVWHLHVQ GIVSLQELLE SHPDMHAVGS WLFRNLCCLC EQMEASCQHA DVARAMLSDF VQ MFVLRGF QKNSDLRRTV EPEKMPQVTV DVLQRMLIFA LDALAAGVQE ESSTHKIVRC WFGVFSGHTL GSVISTDPLK RFF SHTLTQ ILTHSPVLKA SDAVQMQREW SFARTHPLLT SLYRRLFVML SAEELVGHLQ EVLETQEVHW QRVLSFVSAL VVCF PEAQQ LLEDWVARLM AQAFESCQLD SMVTAFLVVR QAALEGPSAF LSYADWFKAS FGSTRGYHGC SKKALVFLFT FLSEL VPFE SPRYLQVHIL HPPLVPGKYR SLLTDYISLA KTRLADLKVS IENMGLYEDL SSAGDITEPH SQALQDVEKA IMVFEH TGN IPVTVMEASI FRRPYYVSHF LPALLTPRVL PKVPDSRVAF IESLKRADKI PPSLYSTYCQ ACSAAEEKPE DAALGVR AE PNSAEEPLGQ LTAALGELRA SMTDPSQRDV ISAQVAVISE RLRAVLGHNE DDSSVEISKI QLSINTPRLE PREHMAVD L LLTSFCQNLM AASSVAPPER QGPWAALFVR TMCGRVLPAV LTRLCQLLRH QGPSLSAPHV LGLAALAVHL GESRSALPE VDVGPPAPGA GLPVPALFDS LLTCRTRDSL FFCLKFCTAA ISYSLCKFSS QSRDTLCSCL SPGLIKKFQF LMFRLFSEAR QPLSEEDVA SLSWRPLHLP SADWQRAALS LWTHRTFREV LKEEDVHLTY QDWLHLELEI QPEADALSDT ERQDFHQWAI H EHFLPESS ASGGCDGDLQ AACTILVNAL MDFHQSSRSY DHSENSDLVF GGRTGNEDII SRLQEMVADL ELQQDLIVPL GH TPSQEHF LFEIFRRRLQ ALTSGWSVAA SLQRQRELLM YKRILLRLPS SVLCGSSFQA EQPITARCEQ FFHLVNSEMR NFC SHGGAL TQDITAHFFR GLLNACLRSR DPSLMVDFIL AKCQTKCPLI LTSALVWWPS LEPVLLCRWR RHCQSPLPRE LQKL QEGRQ FASDFLSPEA ASPAPNPDWL SAAALHFAIQ QVREENIRKQ LKKLDCEREE LLVFLFFFSL MGLLSSHLTS NSTTD LPKA FHVCAAILEC LEKRKISWLA LFQLTESDLR LGRLLLRVAP DQHTRLLPFA FYSLLSYFHE DAAIREEAFL HVAVDM YLK LVQLFVAGDT STVSPPAGRS LELKGQGNPV ELITKARLFL LQLIPRCPKK SFSHVAELLA DRGDCDPEVS AALQSRQ QA APDADLSQEP HLFAAAKLVD EDLYFQSDYK DDDDK

UniProtKB: Fanconi anemia group A protein

+
分子 #2: Fanconi anemia group B protein

分子名称: Fanconi anemia group B protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.640172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRK LGTGSMTSKQ AMSSNEQERL LCYNGEVLVF QLSKGNFADK EPTKTPILHV RRMVFDRGTK VFVQKSTGF FTIKEENSHL KIMCCNCVSD FRTGINLPYI VIEKNKKNNV FEYFLLILHS TNKFEMRLSF KLGYEMKDGL R VLNGPLIL ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQGGGRK LGTGSMTSKQ AMSSNEQERL LCYNGEVLVF QLSKGNFADK EPTKTPILHV RRMVFDRGTK VFVQKSTGF FTIKEENSHL KIMCCNCVSD FRTGINLPYI VIEKNKKNNV FEYFLLILHS TNKFEMRLSF KLGYEMKDGL R VLNGPLIL WRHVKAFFFI SSQTGKVVSV SGNFSSIQWA GEIENLGMVL LGLKECCLSE EECTQEPSKS DYAIWNTKFC VY SLESQEV LSDIYIIPPA YSSVVTYVHI CATEIIKNQL RISLIALTRK NQLISFQNGT PKNVCQLPFG DPCAVQLMDS GGG NLFFVV SFISNNACAV WKESFQVAAK WEKLSLVLID DFIGSGTEQV LLLFKDSLNS DCLTSFKITD LGKINYSSEP SDCN EDDLF EDKQENRYLV VPPLETGLKV CFSSFRELRQ HLLLKEKIIS KSYKALINLV QGKDDNTSSA EEKECLVPLC GEEEN SVHI LDEKLSDNFQ DSEQLVEKIW YRVIDDSLVV GVKTTSSLKL SLNDVTLSLL MDQAHDSRFR LLKCQNRVIK LSTNPF PAP YLMPCEIGLE AKRVTLTPDS KKEESFVCEH PSKKECVQII TAVTSLSPLL TFSKFCCTVL LQIMERESGN CPKDRYV VC GRVFLSLEDL STGKYLLTFP KKKPIEHMED LFALLAAFHK SCFQITSPGY ALNSMKVWLL EHMKCEIIKE FPEVYFCE R PGSFYGTLFT WKQRTPFEGI LIIYSRNQTV MFQCLHNLIR ILPINCFLKN LKSGSENFLI DNMAFTLEKE LVTLSSLSS AIAKHESNFM QRCEVSKGKS SVVAAALSDR RENIHPYRKE LQREKKKMLQ TNLKVSGALY REITLKVAEV QLKSDFAAQK LSNL

UniProtKB: Fanconi anemia group B protein

+
分子 #3: Fanconi anemia group C protein

分子名称: Fanconi anemia group C protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.290359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRK LGTGSMAQDS VDLSCDYQFW MQKLSVWDQA STLETQQDTC LHVAQFQEFL RKMYEALKEM DSNTVIERF PTIGQLLAKA CWNPFILAYD ESQKILIWCL CCLINKEPQN SGQSKLNSWI QGVLSHILSA LRFDKEVALF T QGLGYAPI ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQGGGRK LGTGSMAQDS VDLSCDYQFW MQKLSVWDQA STLETQQDTC LHVAQFQEFL RKMYEALKEM DSNTVIERF PTIGQLLAKA CWNPFILAYD ESQKILIWCL CCLINKEPQN SGQSKLNSWI QGVLSHILSA LRFDKEVALF T QGLGYAPI DYYPGLLKNM VLSLASELRE NHLNGFNTQR RMAPERVASL SRVCVPLITL TDVDPLVEAL LICHGREPQE IL QPEFFEA VNEAILLKKI SLPMSAVVCL WLRHLPSLEK AMLHLFEKLI SSERNCLRRI ECFIKDSSLP QAACHPAIFR VVD EMFRCA LLETDGALEI IATIQVFTQC FVEALEKASK QLRFALKTYF PYTSPSLAMV LLQDPQDIPR GHWLQTLKHI SELL REAVE DQTHGSCGGP FESWFLFIHF GGWAEMVAEQ LLMSAAEPPT ALLWLLAFYY GPRDGRQQRA QTMVQVKAVL GHLLA MSRS SSLSAQDLQT VAGQGTDTDL RAPAQQLIRH LLLNFLLWAP GGHTIAWDVI TLMAHTAEIT HEIIGFLDQT LYRWNR LGI ESPRSEKLAR ELLKELRTQV

UniProtKB: Fanconi anemia group C protein

+
分子 #4: Fanconi anemia group E protein

分子名称: Fanconi anemia group E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.026086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRM ATPDAGLPGA EGVEPAPWAQ LEAPARLLLQ ALQAGPEGAR RGLGVLRALG SRGWEPFDWG RLLEALCRE EPVVQGPDGR LELKPLLLRL PRICQRNLMS LLMAVRPSLP ESGLLSVLQI AQQDLAPDPD AWLRALGELL R RDLGVGTS ...文字列:
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UniProtKB: Fanconi anemia group E protein

+
分子 #5: Fanconi anemia group F protein

分子名称: Fanconi anemia group F protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.108297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRK LGTGSMESLL QHLDRFSELL AVSSTTYVST WDPATVRRAL QWARYLRHIH RRFGRHGPIR TALERRLHN QWRQEGGFGR GPVPGLANFQ ALGHCDVLLS LRLLENRALG DAARYHLVQQ LFPGPGVRDA DEETLQESLA R LARRRSAV ...文字列:
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UniProtKB: Fanconi anemia group F protein

+
分子 #6: Fanconi anemia group G protein

分子名称: Fanconi anemia group G protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.873727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRM SRQTTSVGSS CLDLWREKND RLVRQAKVAQ NSGLTLRRQQ LAQDALEGLR GLLHSLQGLP AAVPVLPLE LTVTCNFIIL RASLAQGFTE DQAQDIQRSL ERVLETQEQQ GPRLEQGLRE LWDSVLRASC LLPELLSALH R LVGLQAAL ...文字列:
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UniProtKB: Fanconi anemia group G protein

+
分子 #7: E3 ubiquitin-protein ligase FANCL

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.203953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQGGGRM AVTEASLLRQ CPLLLPQNRS KTVYEGFISA QGRDFHLRIV LPEDLQLKNA RLLCSWQLRT ILSGYHRIV QQRMQHSPDL MSFMMELKML LEVALKNRQE LYALPPPPQF YSSLIEEIGT LGWDKLVYAD TCFSTIKLKA E DASGREHL ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQGGGRM AVTEASLLRQ CPLLLPQNRS KTVYEGFISA QGRDFHLRIV LPEDLQLKNA RLLCSWQLRT ILSGYHRIV QQRMQHSPDL MSFMMELKML LEVALKNRQE LYALPPPPQF YSSLIEEIGT LGWDKLVYAD TCFSTIKLKA E DASGREHL ITLKLKAKYP AESPDYFVDF PVPFCASWTP QSSLISIYSQ FLAAIESLKA FWDVMDEIDE KTWVLEPEKP PR SATARRI ALGNNVSINI EVDPRHPTML PECFFLGADH VVKPLGIKLS RNIHLWDPEN SVLQNLKDVL EIDFPARAIL EKS DFTMDC GICYAYQLDG TIPDQVCDNS QCGQPFHQIC LYEWLRGLLT SRQSFNIIFG ECPYCSKPIT LKMSGRKH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase FANCL

+
分子 #8: Fanconi anemia core complex-associated protein 100

分子名称: Fanconi anemia core complex-associated protein 100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.513898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKGSMAGAA PRVRYLAGFC CPLGGLAAGK PRVLCHEAEV FLSTGSELVY VYDQEGGLLT AAFRFPDQV WHLELLAPRR LLYALCARRG LYCLSLDHPG RSRSTSQDDR DSEDGDQPSP VIPVDPDACI LPDAALCAFT L LDSVLVTL ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKGSMAGAA PRVRYLAGFC CPLGGLAAGK PRVLCHEAEV FLSTGSELVY VYDQEGGLLT AAFRFPDQV WHLELLAPRR LLYALCARRG LYCLSLDHPG RSRSTSQDDR DSEDGDQPSP VIPVDPDACI LPDAALCAFT L LDSVLVTL VQGPARWKMQ LFEQPCPGED PRPGGQIGEV ELSSYTPPAG VPGKPAAPHF LPVLCSVSPS GSRVPHDLLG GS GGFTLED ALFGLLFGAD ATLLQSPVVL CGLPDGQLCC VILKALVTSR SAPGDPNALV KILHHLEEPV IFIGALKTEP QAA EAAENF LPDEDVHCDC LVAFGHHGRM LAIKASWDES GKLVPELREY CLPGPVLCAA CGGGGRVYHS TPSDLCVVDL SRGS TPLGP EQPEEGPGGL PPMLCPASLN ICSVVSLSAS PRTHEGGTKL LALSAKGRLM TCSLDLDSEM PGPARMTTES AGQKI KELL SGIGNISERV SFLKKAVDQR NKALTSLNEA MNVSCALLSS GTGPRPISCT TSTTWSRLQT QDVLMATCVL ENSSSF SLD QGWTLCIQVL TSSCALDLDS ACSAITYTIP VDQLGPGARR EVTLPLGPGE NGGLDLPVTV SCTLFYSLRE VVGGALA PS DSEDPFLDEC PSDVLPEQEG VCLPLSRHTV DMLQCLRFPG LAPPHTRAPS PLGPTRDPVA TFLETCREPG SQPAGPAS L RAEYLPPSVA SIKVSAELLR AALKDGHSGV PLCCATLQWL LAENAAVDVV RARALSSIQG VAPDGANVHL IVREVAMTD LCPAGPIQAV EIQVESSSLA DICRAHHAVV GRMQTMVTEQ ATQGSSAPDL RVQYLRQIHA NHETLLREVQ TLRDRLCTED EASSCATAQ RLLQVYRQLR HPSLILL

UniProtKB: Fanconi anemia core complex-associated protein 100

+
分子 #9: Fanconi anemia core complex-associated protein 20

分子名称: Fanconi anemia core complex-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.041667 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)E PTEVFTVGPK TFSWTPFPPD LW(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #10: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.553873 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQRASRLKRE LHMLATEPPP GITCWQDKDQ MDDLRAQILG GANTPYEKGV FKLEVIIPER YPFEPPQIRF LTPIYHPNID SAGRICLDV LKLPPKGAWR PSLNIATVLT SIQLLMSEPN PDDPLMADIS SEFKYNKPAF LKNARQWTEK HARQKQKADE E EMLDNLPE ...文字列:
MQRASRLKRE LHMLATEPPP GITCWQDKDQ MDDLRAQILG GANTPYEKGV FKLEVIIPER YPFEPPQIRF LTPIYHPNID SAGRICLDV LKLPPKGAWR PSLNIATVLT SIQLLMSEPN PDDPLMADIS SEFKYNKPAF LKNARQWTEK HARQKQKADE E EMLDNLPE AGDSRVHNST QKRKASQLVG IEKKFHPDV

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T

+
分子 #11: Fanconi anemia, complementation group I

分子名称: Fanconi anemia, complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.512078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTALAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR ...文字列:
MDQKILSLAA EKTADKLQEF LQTLREGDLT NLLQNQAVKG KVAGALLRAI FKGSPCSEEA GTLRRRKIYT CCIQLVESGD LQKEIVSEI IGLLMLEAHH FPGPLLVELA NEFISAVREG SLVNGKSLEL LPIILTALAT KKENLAYGKG VLSGEECKKQ L INTLCSGR WDQQYVIQLT SMFKDVPLTA EEVEFVVEKA LSMFSKMNLQ EIPPLVYQLL VLSSKGSRKS VLEGIIAFFS AL DKQHNEE QSGDELLDVV TVPSGELRHV EGTIILHIVF AIKLDYELGR ELVKHLKVGQ QGDSNNNLSP FSIALLLSVT RIQ RFQDQV LDLLKTSVVK SFKDLQLLQG SKFLQNLVPH RSYVSTMILE VVKNSVHSWD HVTQGLVELG FILMDSYGPK KVLD GKTIE TSPSLSRMPN QHACKLGANI LLETFKIHEM IRQEILEQVL NRVVTRASSP ISHFLDLLSN IVMYAPLVLQ SCSSK VTEA FDYLSFLPLQ TVQRLLKAVQ PLLKVSMSMR DCLILVLRKA MFANQLDARK SAVAGFLLLL KNFKVLGSLS SSQCSQ SLS VSQVHVDVHS HYNSVANETF CLEIMDSLRR CLSQQADVRL MLYEGFYDVL RRNSQLANSV MQTLLSQLKQ FYEPKPD LL PPLKLEACIL TQGDKISLQE PLDYLLCCIQ HCLAWYKNTV IPLQQGEEEE EEEEAFYEDL DDILESITNR MIKSELED F ELDKSADFSQ STSIGIKNNI SAFLVMGVCE VLIEYNFSIS SFSKNRFEDI LSLFMCYKKL SDILNEKAGK AKTKMANKT SDSLLSMKFV SSLLTALFRD SIQSHQESLS VLRSSNEFMR YAVNVALQKV QQLKETGHVS GPDGQNPEKI FQNLCDLTRV LLWRYTSIP TSVEESGKKE KGKSISLLCL EGLQKIFSAV QQFYQPKIQQ FLRALDVTDK EGEEREDADV SVTQRTAFQI R QFQRSLLN LLSSQEEDFN SKEALLLVTV LTSLSKLLEP SSPQFVQMLS WTSKICKENS REDALFCKSL MNLLFSLHVS YK SPVILLR DLSQDIHGHL GDIDQDVEVE KTNHFAIVNL RTAAPTVCLL VLSQAEKVLE EVDWLITKLK GQVSQETLSE EAS SQATLP NQPVEKAIIM QLGTLLTFFH ELVQTALPSG SCVDTLLKDL CKMYTTLTAL VRYYLQVCQS SGGIPKNMEK LVKL SGSHL TPLCYSFISY VQNKSKSLNY TGEKKEKPAV VATAMARVLR ETKPIPNLIF AIEQYEKFLI HLSKKSKVSL MQHMK LSTS RDFKIKGNIL DMVLREDGED ENEEGTASEH GGQNKEPAKK KRKK

UniProtKB: Fanconi anemia, complementation group I

+
分子 #12: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 164.325516 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD ...文字列:
MVSKRRLSKS EDKESLTEDA SKTRKQPLSK KTKKSHIANE VEENDSIFVK LLKISGIILK TGESQNQLAV DQIAFQKKLF QTLRRHPSY PKIIEEFVSG LESYIEDEDS FRNCLLSCER LQDEEASMGA SYSKSLIKLL LGIDILQPAI IKTLFEKLPE Y FFENKNSD EINIPRLIVS QLKWLDRVVD GKDLTTKIMQ LISIAPENLQ HDIITSLPEI LGDSQHADVG KELSDLLIEN TS LTVPILD VLSSLRLDPN FLLKVRQLVM DKLSSIRLED LPVIIKFILH SVTAMDTLEV ISELREKLDL QHCVLPSRLQ ASQ VKLKSK GRASSSGNQE SSGQSCIILL FDVIKSAIRY EKTISEAWIK AIENTASVSE HKVFDLVMLF IIYSTNTQTK KYID RVLRN KIRSGCIQEQ LLQSTFSVHY LVLKDMCSSI LSLAQSLLHS LDQSIISFGS LLYKYAFKFF DTYCQQEVVG ALVTH ICSG NEAEVDTALD VLLELVVLNP SAMMMNAVFV KGILDYLDNI SPQQIRKLFY VLSTLAFSKQ NEASSHIQDD MHLVIR KQL SSTVFKYKLI GIIGAVTMAG IMAADRSESP SLTQERANLS DEQCTQVTSL LQLVHSCSEQ SPQASALYYD EFANLIQ HE KLDPKALEWV GHTICNDFQD AFVVDSCVVP EGDFPFPVKA LYGLEEYDTQ DGIAINLLPL LFSQDFAKDG GPVTSQES G QKLVSPLCLA PYFRLLRLCV ERQHNGNLEE IDGLLDCPIF LTDLEPGEKL ESMSAKERSF MCSLIFLTLN WFREIVNAF CQETSPEMKG KVLTRLKHIV ELQIILEKYL AVTPDYVPPL GNFDVETLDI TPHTVTAISA KIRKKGKIER KQKTDGSKTS SSDTLSEEK NSECDPTPSH RGQLNKEFTG KEEKTSLLLH NSHAFFRELD IEVFSILHCG LVTKFILDTE MHTEATEVVQ L GPPELLFL LEDLSQKLES MLTPPIARRV PFLKNKGSRN IGFSHLQQRS AQEIVHCVFQ LLTPMCNHLE NIHNYFQCLA AE NHGVVDG PGVKVQEYHI MSSCYQRLLQ IFHGLFAWSG FSQPENQNLL YSALHVLSSR LKQGEHSQPL EELLSQSVHY LQN FHQSIP SFQCALYLIR LLMVILEKST ASAQNKEKIA SLARQFLCRV WPSGDKEKSN ISNDQLHALL CIYLEHTESI LKAI EEIAG VGVPELINSP KDASSSTFPT LTRHTFVVFF RVMMAELEKT VKKIEPGTAA DSQQIHEEKL LYWNMAVRDF SILIN LIKV FDSHPVLHVC LKYGRLFVEA FLKQCMPLLD FSFRKHREDV LSLLETFQLD TRLLHHLCGH SKIHQDTRLT QHVPLL KKT LELLVCRVKA MLTLNNCREA FWLGNLKNRD LQGEEIKSQN SQESTADESE DDMSSQASKS KATEDGEEDE VSAGEKE QD SDESYDDSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

+
分子 #13: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.036518 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #14: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.716326 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)

+
分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3tris
100.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 mMC10H16N5O13P3Adenosine triphosphate
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 36.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74481
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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