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タイトルArchitecture of the AP2/clathrin coat on the membranes of clathrin-coated vesicles.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 30, Page eaba8381, Year 2020
掲載日2020年7月22日
著者Oleksiy Kovtun / Veronica Kane Dickson / Bernard T Kelly / David J Owen / John A G Briggs /
PubMed 要旨Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which cargo-selecting clathrin adaptors are attached. Adaptor protein complex (AP2) is the key adaptor in CME. Crystallography has shown AP2 to adopt a range of conformations. Here, we used cryo-electron microscopy, tomography, and subtomogram averaging to determine structures, interactions, and arrangements of clathrin and AP2 at the key steps of coat assembly, from AP2 in solution to membrane-assembled clathrin-coated vesicles (CCVs). AP2 binds cargo and PtdIns(4,5) (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate)-containing membranes via multiple interfaces, undergoing conformational rearrangement from its cytosolic state. The binding mode of AP2 β2 appendage into the clathrin lattice in CCVs and buds implies how the adaptor structurally modulates coat curvature and coat disassembly.
リンクSci Adv / PubMed:32743075 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.9 - 11.9 Å
構造データ

EMDB-10747, PDB-6yae:
AP2 core in physiological buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-10748, PDB-6yaf:
AP2 on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-10749:
AP2 dimer on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-10750:
AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.9 Å

EMDB-10751, PDB-6yah:
AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-10752:
Hexagon bounding clathrin leg in clathrin coats assembled on a membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-10753:
Pentagon bounding clathrin legs in clathrin coats assembled on a membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-10754, PDB-6yai:
Clathrin with bound beta2 appendage of AP2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin / clathrin adaptor / ap2 / clathrin assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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