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タイトルStructures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 80, Issue 2, Page 227-236.e5, Year 2020
掲載日2020年10月15日
著者Stephanie Oerum / Tom Dendooven / Marjorie Catala / Laetitia Gilet / Clément Dégut / Aude Trinquier / Maxime Bourguet / Pierre Barraud / Sarah Cianferani / Ben F Luisi / Ciarán Condon / Carine Tisné /
PubMed 要旨The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ...The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ribosomal subunit (50S) rRNAs, 23S and 5S pre-rRNAs, are catalyzed by the double-strand specific ribonucleases (RNases) Mini-RNase III and RNase M5, respectively. Here we present a protocol that allowed us to solve the 3.0 and 3.1 Å resolution cryoelectron microscopy structures of these RNases poised to cleave their pre-rRNA substrates within the B. subtilis 50S particle. These data provide the first structural insights into rRNA maturation in bacteria by revealing how these RNases recognize and process double-stranded pre-rRNA. Our structures further uncover how specific ribosomal proteins act as chaperones to correctly fold the pre-rRNA substrates and, for Mini-III, anchor the RNase to the ribosome. These r-proteins thereby serve a quality-control function in the process from accurate ribosome assembly to rRNA processing.
リンクMol Cell / PubMed:32991829 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.3 - 3.07 Å
構造データ

10535

6tnn

EMDB-10535, PDB-6tnn:
Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

10543

6tpq

EMDB-10543, PDB-6tpq:
RNase M5 bound to 50S ribosome with precursor 5S rRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

PDB-6tg6:
Toprim domain of RNase M5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6tgj:
RNA-binding domain of RNase M5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
  • geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RNase M5 / RNase (リボヌクレアーゼ) / rRNA (リボソームRNA) / 5S rRNA (5SリボソームRNA) / precursor rRNA / pre-5S rRNA / ribosomal RNA (リボソームRNA) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / catalytic domain / toprim domain / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / novel fold / RNA-binding domain (RNA結合タンパク質) / RIBOSOMAL PROTEIN / Mini-RNase III / Mini-III (ミニ (BMC)) / complex / ribosome (リボソーム) / 50S / RNA maturation / RNA processing (転写後修飾) / precursor 23S rRNA / pre-23S rRNA / 23S rRNA (23SリボソームRNA) / L3 / RNase III-like fold / M5 / precursor 5S rRNA / L18

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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