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タイトルStructures of MERS-CoV spike glycoprotein in complex with sialoside attachment receptors.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 12, Page 1151-1157, Year 2019
掲載日2019年12月2日
著者Young-Jun Park / Alexandra C Walls / Zhaoqian Wang / Maximillian M Sauer / Wentao Li / M Alejandra Tortorici / Berend-Jan Bosch / Frank DiMaio / David Veesler /
PubMed 要旨The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes severe and often lethal respiratory illness in humans, and no vaccines or specific treatments are available. Infections are ...The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes severe and often lethal respiratory illness in humans, and no vaccines or specific treatments are available. Infections are initiated via binding of the MERS-CoV spike (S) glycoprotein to sialosides and dipeptidyl-peptidase 4 (the attachment and entry receptors, respectively). To understand MERS-CoV engagement of sialylated receptors, we determined the cryo-EM structures of S in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid, 5-N-glycolyl neuraminic acid, sialyl-Lewis, α2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine and α2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine at 2.7-3.0 Å resolution. We show that recognition occurs via a conserved groove that is essential for MERS-CoV S-mediated attachment to sialosides and entry into human airway epithelial cells. Our data illuminate MERS-CoV S sialoside specificity and suggest that selectivity for α2,3-linked over α2,6-linked receptors results from enhanced interactions with the former class of oligosaccharides. This study provides a structural framework explaining MERS-CoV attachment to sialoside receptors and identifies a site of potential vulnerability to inhibitors of viral entry.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31792450 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.0 Å
構造データ

20542

6q04

EMDB-20542, PDB-6q04:
MERS-CoV S structure in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

20543

6q05

EMDB-20543, PDB-6q05:
MERS-CoV S structure in complex with sialyl-lewisX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

20544

6q06

EMDB-20544, PDB-6q06:
MERS-CoV S structure in complex with 2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

20545

6q07

EMDB-20545, PDB-6q07:
MERS-CoV S structure in complex with 2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-20829:
MERS-CoV S structure in complex with 5-N-glycolyl neuraminic acid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-FOL:
FOLIC ACID / 葉酸 / 葉酸

ChemComp-SIA:
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス)
  • human betacoronavirus 2c emc/2012 (MERSコロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / MERS-CoV (MERSコロナウイルス) / membrane fusion / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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