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Structure paper

タイトルToward G protein-coupled receptor structure-based drug design using X-ray lasers.
ジャーナル・号・ページIucrj, Vol. 6, Page 1106-1119, Year 2019
掲載日2019年7月12日 (構造データの登録日)
著者Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. ...Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. / Moraes, I. / Gati, C. / Cherezov, V.
リンクIucrj / PubMed:31709066
手法X線回折
解像度1.85 - 3.4 Å
構造データ

PDB-6prz:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Alprenolol to Alprenolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-6ps0:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Alprenolol to Carazolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.4 Å

PDB-6ps1:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Alprenolol to Timolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-6ps2:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Alprenolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-6ps3:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Carvedilol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-6ps4:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to ICI-118551.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-6ps5:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Propranolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-6ps6:
XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Timolol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-6ps7:
XFEL A2aR structure by ligand exchange from LUF5843 to ZM241385.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-6ps8:
XFEL MT1R structure by ligand exchange from agomelatine to 2-phenylmelatonin.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-JTZ:
(2S)-1-[(1-methylethyl)amino]-3-(2-prop-2-en-1-ylphenoxy)propan-2-ol / (-)-アルプレノロ-ル

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-CAU:
(2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol / S-カラゾロ-ル

ChemComp-TIM:
(2S)-1-(tert-butylamino)-3-[(4-morpholin-4-yl-1,2,5-thiadiazol-3-yl)oxy]propan-2-ol / チモロ-ル / 薬剤*YM / チモロール

ChemComp-OLB:
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-CVD:
(2S)-1-(8H-CARBAZOL-4-YLOXY)-3-[2-(2-METHOXYPHENOXY)ETHYLAMINO]PROPAN-2-OL / (S)-カルベジロ-ル / 薬剤*YM / カルベジロール

ChemComp-JRZ:
(2S,3S)-1-[(7-methyl-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl)oxy]-3-[(1-methylethyl)amino]butan-2-ol

ChemComp-SNP:
1-(ISOPROPYLAMINO)-3-(1-NAPHTHYLOXY)-2-PROPANOL / (-)-プロプラノロ-ル

ChemComp-ZMA:
4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385 / アンタゴニスト*YM / ZM-241,385

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-JEY:
N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / 2-フェニルメラトニン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • pyrococcus abyssi (strain ge5 / orsay) (古細菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / COMPLEX-LCP method / SBDD / drug design (医薬品設計) / XFEL (自由電子レーザー) / LCP-SFX / Ligand Exchange (配位子) / Alprenolol (アルプレノロール) / b2AR / beta2AR / Carazolol / Timolol (チモロール) / cavedilol / ICI-118551. b2AR / Propranolol (プロプラノロール) / Luf5843 / ZM241385 / A2aAR / Agomelatine (アゴメラチン) / 2-phenyl melatonin / MT1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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