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Structure paper

タイトルThe CryoEM Method MicroED as a Powerful Tool for Small Molecule Structure Determination.
ジャーナル・号・ページACS Cent Sci, Vol. 4, Issue 11, Page 1587-1592, Year 2018
掲載日2018年11月28日
著者Christopher G Jones / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tyler J Fulton / Brian M Stoltz / Jose A Rodriguez / Hosea M Nelson / Tamir Gonen /
PubMed 要旨In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful ...In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful spectroscopic techniques have been developed to address this challenge. While almost all of these techniques rely on inference of connectivity, the unambiguous determination of a small molecule's structure requires X-ray and/or neutron diffraction studies. In practice, however, X-ray crystallography is rarely applied in routine organic chemistry due to intrinsic limitations of both the analytes and the technique. Here we report the use of the electron cryo-microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction (MicroED) to provide routine and unambiguous structural determination of small organic molecules. From simple powders, with minimal sample preparation, we could collect high-quality MicroED data from nanocrystals (∼100 nm, ∼10 g) resulting in atomic resolution (<1 Å) crystal structures in minutes.
リンクACS Cent Sci / PubMed:30555912 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度0.77 - 1.91 Å
構造データ

EMDB-9282:
MicroED map of biotin at 0.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.9 Å

EMDB-9283:
MicroED map of brucine at 0.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-9284:
MicroED map of carbamazepine at 1.0 A resolution
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-9285:
MicroED map of cinchonine at 1.0 A resolution
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-9286:
MicroED map of ethisterone at 0.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-9287:
MicroED map of HKL-I-029 at 1.0 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.0 Å

EMDB-9288:
MicroED map of ibuprofen at 1.1 A resolution
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-9289:
MicroED map of (+)-limaspermidine at 0.77 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.77 Å

EMDB-9290:
MicroED map of progesterone at 0.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.9 Å

EMDB-9291:
MicroED map of acetaminophen at 0.8 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.8 Å

EMDB-9292, PDB-6mxf:
MicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.91 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • streptomyces azureus (バクテリア)
キーワードANTIBIOTIC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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