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タイトルCryo-EM structure of a functional monomeric Photosystem I from Thermosynechococcus elongatus reveals red chlorophyll cluster.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 4, Issue 1, Page 304, Year 2021
掲載日2021年3月8日
著者Orkun Çoruh / Anna Frank / Hideaki Tanaka / Akihiro Kawamoto / Eithar El-Mohsnawy / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Christoph Gerle / Marc M Nowaczyk / Genji Kurisu /
PubMed 要旨A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric ...A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric PSI structure has not yet been reported despite long-standing interest in its structure and extensive spectroscopic characterization of the loss of red chlorophylls upon monomerization. Here, we describe the structure of monomeric PSI from Thermosynechococcus elongatus BP-1. Comparison with the trimer structure gave detailed insights into monomerization-induced changes in both the central trimerization domain and the peripheral regions of the complex. Monomerization-induced loss of red chlorophylls is assigned to a cluster of chlorophylls adjacent to PsaX. Based on our findings, we propose a role of PsaX in the stabilization of red chlorophylls and that lipids of the surrounding membrane present a major source of thermal energy for uphill excitation energy transfer from red chlorophylls to P700.
リンクCommun Biol / PubMed:33686186 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.2 - 6.5 Å
構造データ

0977

6lu1

EMDB-0977, PDB-6lu1:
Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus by Single Particle CRYO-EM at 3.2 A Resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-7bw2:
Crystal Structure of Cyanobacterial PSI Monomer from T.elongatus at 6.5 A Resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 6.5 Å

化合物

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • thermosynechococcus elongatus bp-1 (バクテリア)
  • thermosynechococcus elongatus (strain bp-1) (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / monomer / complex / photosystem / photosynthesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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