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タイトルAtomic structures of enterovirus D68 in complex with two monoclonal antibodies define distinct mechanisms of viral neutralization.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 1, Page 124-133, Year 2019
掲載日2018年11月5日
著者Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Zhihai Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Timothy S Baker / Z Hong Zhou / Barney S Graham / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various ...Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various forms and antibody-bound capsids will facilitate the development of effective vaccines and therapeutics against EV-D68 infection, which causes childhood respiratory and paralytic diseases worldwide. Here, we report the structures of three EV-D68 capsid states representing the virus at major phases. We further describe two original monoclonal antibodies (15C5 and 11G1) with distinct structurally defined mechanisms for virus neutralization. 15C5 and 11G1 engage the capsid loci at icosahedral three-fold and five-fold axes, respectively. To block viral attachment, 15C5 binds three forms of capsids, and triggers mature virions to transform into A-particles, mimicking engagement by the functional receptor ICAM-5, whereas 11G1 exclusively recognizes the A-particle. Our data provide a structural and molecular explanation for the transition of picornavirus capsid conformations and demonstrate distinct mechanisms for antibody-mediated neutralization.
リンクNat Microbiol / PubMed:30397341 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 7.2 Å
構造データ

9629

6aj0

EMDB-9629, PDB-6aj0:
The structure of Enterovirus D68 mature virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

9631

6aj2

EMDB-9631, PDB-6aj2:
The structure of ICAM-5 triggered Enterovirus D68 virus A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

9632

6aj3

EMDB-9632, PDB-6aj3:
The structure of Enterovirus D68 procapsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

9633

6aj7

EMDB-9633, PDB-6aj7:
The structure of Enterovirus D68 mature virion in complex with Fab 15C5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

9634

6aj9

EMDB-9634, PDB-6aj9:
The structure of Enterovirus D68 mature virion in complex with Fab 15C5 and 11G1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-9635:
The structure of Enterovirus D68 A-particle triggered by an unknown stimulus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-9636:
The structure of Enterovirus D68 A-particle in complex with Fab 11G1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

由来
  • enterovirus d68 (エンテロウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS / Enterovirus D68 / mature virion / ICAM-5 / A-paticle / procapsid / neutralizing antibody / Immune-complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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