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タイトルDesign of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
ジャーナル・号・ページNat. Chem. Biol., Vol. 10, Page 386-391, Year 2014
掲載日2011年9月7日 (構造データの登録日)
著者Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. ...Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
リンクNat. Chem. Biol. / PubMed:24705591
手法X線回折
解像度1.36 - 2.7 Å
構造データ

PDB-3tp4:
Crystal Structure of engineered protein at the resolution 1.98A, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR128
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.979 Å

PDB-3v45:
Crystal Structure of de novo designed serine hydrolase OSH55, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR130
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-4drt:
Three dimensional structure of de novo designed serine hydrolase OSH26, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target OR89
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.002 Å

PDB-4ess:
Crystal Structure of E6D/L155R variant of de novo designed serine hydrolase OSH55, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR187
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9971 Å

PDB-4etj:
Crystal Structure of E6H variant of de novo designed serine hydrolase OSH55, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR185
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.203 Å

PDB-4etk:
Crystal Structure of E6A/L130D/A155H variant of de novo designed serine hydrolase, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR186
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-4f2v:
Crystal Structure of de novo designed serine hydrolase, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR165
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.493 Å

PDB-4jca:
Crystal Structure of the apo form of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.411 Å

PDB-4jll:
Crystal Structure of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1 covalently bound with FP-alkyne, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-4jvv:
Crystal structure of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1, covalently bound with diisopropyl fluorophosphate (DFP), Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.288 Å

化合物

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID / 酢酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PE4:
2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / 沈殿剤*YM

ChemComp-PE5:
3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / 沈殿剤*YM

ChemComp-PE6:
PHOSPHORYL-HEXAETHYLENE GLYCOL

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-RB:
RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-SEF:
ethyl (R)-{10-[(hept-6-yn-1-ylcarbamoyl)oxy]decyl}phosphonofluoridate

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • artificial gene (人工物)
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / OR128 / OSH97 / DE NOVO PROTEIN / de novo design / hydrolase / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR187 / OSH55 mutant E6D/L159R / serine hydrolase / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / OSH55.4_H1 / ser hydrolase / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273 / diisopropyl fluorophosphate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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