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タイトルA Distinct Type of Pilus from the Human Microbiome.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 165, Page 690-703, Year 2016
掲載日2010年1月25日 (構造データの登録日)
著者Xu, Q. / Shoji, M. / Shibata, S. / Naito, M. / Sato, K. / Elsliger, M.A. / Grant, J.C. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Farr, C.L. ...Xu, Q. / Shoji, M. / Shibata, S. / Naito, M. / Sato, K. / Elsliger, M.A. / Grant, J.C. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Farr, C.L. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Curtis, M.A. / Nakayama, K. / Wilson, I.A.
リンクCell / PubMed:27062925
手法X線回折
解像度1.3 - 3 Å
構造データ

PDB-3liu:
Crystal structure of Putative cell adhesion protein (YP_001304840.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.05 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3pay:
Crystal structure of a putative adhesin (BACOVA_04077) from Bacteroides ovatus at 2.50 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3r4r:
Crystal structure of a fimbrial assembly protein (BDI_3522) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.38 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

PDB-3sy6:
Crystal structure of a fimbrial protein BF1861 [Bacteroides fragilis NCTC 9343] (BF1861) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.90 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3t2l:
Crystal structure of a Putative cell adhesion protein (BF1858) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.33 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-3ufi:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BACOVA_04980) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.18 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.18 Å

PDB-3up6:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BACOVA_04078) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.80 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-4dgu:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BT0320) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.37 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.37 Å

PDB-4eps:
Crystal structure of a fimbrial protein (BACOVA_04982) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.85 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-4gpv:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BACEGG_00536) from Bacteroides eggerthii DSM 20697 at 1.67 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-4h40:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BF2867) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.57 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.57 Å

PDB-4jg5:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BDI_3519) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.34 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.34 Å

PDB-4jrf:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BACOVA_01548) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.98 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-4k4k:
Crystal structure of a putative cell adhesion protein (BACUNI_00621) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.67 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-4q98:
Crystal structure of a fimbrilin (fimA) from Porphyromonas gingivalis W83 at 1.30 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-4qb7:
Crystal structure of a fimbrial protein (BVU_2522) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 2.55 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

PDB-4qdg:
Crystal structure of a putative adhesin (BT2657) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.20 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-4rdb:
Crystal structure of an immunoreactive 32 kDa antigen PG49 (PG_0181) from Porphyromonas gingivalis W83 at 1.45 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-5cag:
Crystal structure of a putative adhesin (BACOVA_02677) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 3.00 A resolution (PSI Community Target, Nakayama)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-NHE:
2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ACN:
ACETONE / アセトン

由来
  • parabacteroides distasonis (バクテリア)
  • bacteroides ovatus (バクテリア)
  • bacteroides fragilis (バクテリア)
  • bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
  • bacteroides eggerthii (バクテリア)
  • bacteroides uniformis (バクテリア)
  • porphyromonas gingivalis (バクテリア)
  • bacteroides vulgatus (バクテリア)
キーワードCELL ADHESION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / PSI-BIOLOGY / transthyretin-like (also known as prealbumin-like) / FIMBRIAL PROTEIN / ADHESION / Prealbumin-like fold / Major fimbrial subunit protein (FimA) / Cell adhesion protein / fimbrial related protein / Unknown Function / HYPOTHETICAL PROTEIN (DUF3988) / PF06321 family / Fimbriae like protein / PF08842 family / Fimbrillin-like protein / PF13149 family / DUF3988 / PF06321 / Type IV / PF15495 / Fimbrillin-A associated anchor proteins Mfa1 and Mfa2 / Putative cell adhesion protein / PF16249 family / DUF4906 / adhesin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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