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Structure paper

タイトルExperimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery.
ジャーナル・号・ページChemmedchem, Vol. 7, Page 248-261, Year 2012
掲載日2010年4月29日 (構造データの登録日)
著者Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G.
リンクChemmedchem / PubMed:22213702
手法X線回折
解像度1.22 - 2.09 Å
構造データ

PDB-3ms3:
Crystal structure of Thermolysin in complex with Aniline
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-3msa:
Crystal structure of Thermolysin in complex with 3-Bromophenol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-3msf:
Crystal structure of Thermolysin in complex with Urea
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-3msn:
Crystal structure of Thermolysin in complex with N-methylurea
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-3n21:
Crystal structure of Thermolysin in complex with S-1,2-Propandiol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-3n4a:
Crystal structure of D-Xylose Isomerase in complex with S-1,2-Propandiol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-3n9w:
Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD) in complex with 1,2-Propanediol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3nn7:
Crystal structure of Thermolysin in complex with 2-bromoacetate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3nx8:
human cAMP dependent protein kinase in complex with phenol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-3pcz:
Endothiapepsin in complex with benzamidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-3prs:
Endothiapepsin in complex with ritonavir
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-3pvk:
Secreted aspartic protease 2 in complex with benzamidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-3pww:
Endothiapepsin in complex with saquinavir
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ANL:
ANILINE / アニリン

ChemComp-IPA:
ISOPROPYL ALCOHOL / 2-プロパノ-ル / alkaloid*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-B3R:
3-bromophenol / 3-ブロモフェノ-ル

ChemComp-URE:
UREA / 尿素

ChemComp-NMU:
N-METHYLUREA / 1-メチル尿素

ChemComp-PGO:
S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-PGR:
R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル

ChemComp-BXA:
bromoacetic acid / ブロモ酢酸

ChemComp-IPH:
PHENOL / フェノ-ル

ChemComp-BEN:
BENZAMIDINE / ベンズアミジン

ChemComp-RIT:
RITONAVIR / リトナビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

ChemComp-ROC:
(2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 / サキナビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

由来
  • bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
  • streptomyces rubiginosus (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • homo sapiens (ヒト)
  • cryphonectria parasitica (菌類)
  • candida albicans (酵母)
キーワードHYDROLASE / PROTEASE / Aniline / Fragement soaking / Fragment based lead discovery / METALLOPROTEASE / Metal-binding / Secreted / Zymogen / Fragment soaking / 3-Bromophenol / Urea / N-methylurea / S-1 / 2-Propandiol / ISOMERASE / INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTSE / TIM BARREL-BETA-ALPHA-BARRELS / TWO METAL BINDING ITES / Manganese / TRANSFERASE / YGBP / CYTIDYLYLTRANSFERASE / DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE PATHWAY (DXP) / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / 1 / 2-Propanediol / FBLD / 2-Bromoacetate / Fragment-based lead discovery / ATP Binding / Phosphorylation / HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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