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タイトルStructures of Coxsackievirus A10 unveil the molecular mechanisms of receptor binding and viral uncoating.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 4985, Year 2018
掲載日2018年11月26日
著者Ling Zhu / Yao Sun / Jinyan Fan / Bin Zhu / Lei Cao / Qiang Gao / Yanjun Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, ...Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, utilizing the molecule KREMEN1 as an entry receptor, constitutes a KREMEN1-dependent subgroup within HEV-As. Currently, there is no vaccine or antiviral therapy available for treating diseases caused by CVA10. The atomic-resolution structure of the CVA10 virion, which is within the KREMEN1-dependent subgroup, shows significant conformational differences in the putative receptor binding sites and serotype-specific epitopes, when compared to the SCARB2-dependent subgroup of HEV-A, such as EV71, highlighting specific differences between the sub-groups. We also report two expanded structures of CVA10, an empty particle and uncoating intermediate at atomic resolution, as well as a medium-resolution genome structure reconstructed using a symmetry-mismatch method. Structural comparisons coupled with previous results, reveal an ordered signal transmission process for enterovirus uncoating, converting exo-genetic receptor-attachment inputs into a generic RNA release mechanism.
リンクNat Commun / PubMed:30478256 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 12.0 Å
構造データ

9642

6aks

EMDB-9642, PDB-6aks:
Cryo-EM structure of CVA10 mature virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

9643

6akt

EMDB-9643, PDB-6akt:
Cryo-EM structure of CVA10 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

9644

6aku

EMDB-9644, PDB-6aku:
Cryo-EM structure of CVA10 empty particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-9652:
Asymmetrical reconstruction of CVA10 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

由来
  • coxsackievirus a10 (コクサッキーウイルス)
キーワードVIRUS / picornavirus uncoating / receptor binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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