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タイトルStructural insights into transcription regulation of the global OmpR/PhoB family regulator PhoP from Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 1573, Year 2025
掲載日2025年2月13日
著者Jing Shi / Zhenzhen Feng / Qian Song / Aijia Wen / Tianyu Liu / Liqiao Xu / Zonghang Ye / Simin Xu / Fei Gao / Liuxiang Xiao / Jiapeng Zhu / Kalyan Das / Guoping Zhao / Jie Li / Yu Feng / Wei Lin /
PubMed 要旨As a global transcription activator or repressor, the representative OmpR/PhoB family response regulator PhoP plays a crucial role in regulating bacterial pathogenicity and stress adaptation. ...As a global transcription activator or repressor, the representative OmpR/PhoB family response regulator PhoP plays a crucial role in regulating bacterial pathogenicity and stress adaptation. However, the molecular mechanisms underlying the transcriptional regulation that define its differential functions remain largely unclear. In the present study, we determine three cryo-EM structures of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) PhoP-dependent transcription activation complexes (PhoP-TACs) and build one preliminary cryo-EM structure model of Mtb PhoP-dependent transcription repression complex (PhoP-TRC). In PhoP-TACs, tandem PhoP dimers cooperatively recognize various types of promoters through conserved PhoP-PHO box interactions, which displace the canonical interactions between the -35 element and σR4 of RNA polymerase (RNAP), unraveling complex transcription activation mechanisms of PhoP. In PhoP-TRC, one PhoP dimer binds and significantly distorts the upstream PHO box of the promoter cross-talked with the global nitrogen regulator GlnR through the PhoP-PHO box, PhoP-GlnR and αCTD-DNA interactions. This unique binding of PhoP creates steric hindrances that prevent additional GlnR binding, positioning PhoP within a unique 'competitive occluding model', as supported by prior biochemical observations. Collectively, these findings reveal the dual molecular mechanisms of PhoP-dependent transcription regulation, and offer valuable insights for further exploration of the enormous PhoP-like OmpR/PhoB family response regulators.
リンクNat Commun / PubMed:39948061 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.31 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-61492, PDB-9ji2:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-62293, PDB-9ket:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules(composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-62294, PDB-9keu:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-62295, PDB-9kev:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
キーワードGENE REGULATION / bacterial RNA polymerase / GENE REGULATION/DNA / GENE REGULATION-DNA COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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