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タイトルStructural analyses at pseudo atomic resolution of Chikungunya virus and antibodies show mechanisms of neutralization.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 2, Page e00435, Year 2013
掲載日2013年4月2日
著者Siyang Sun / Ye Xiang / Wataru Akahata / Heather Holdaway / Pankaj Pal / Xinzheng Zhang / Michael S Diamond / Gary J Nabel / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 ...A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 glycoprotein heterodimer. The heterodimer structure was divided into domains to obtain a good fit to the cryoEM density. Differences in the T = 4 quasi-equivalent heterodimer components show their adaptation to different environments. The spikes on the icosahedral 3-fold axes and those in general positions are significantly different, possibly representing different phases during initial generation of fusogenic E1 trimers. CryoEM maps of neutralizing Fab fragments complexed with VLPs have been interpreted using the crystal structures of the Fab fragments and the VLP structure. Based on these analyses the CHK-152 antibody was shown to stabilize the viral surface, hindering the exposure of the fusion-loop, likely neutralizing infection by blocking fusion. The CHK-9, m10 and m242 antibodies surround the receptor-attachment site, probably inhibiting infection by blocking cell attachment. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00435.001.
リンクElife / PubMed:23577234 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.995 - 16.9 Å
構造データ

5576

3j2x

EMDB-5576, PDB-3j2x:
Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab m242
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

5577

3j2w

EMDB-5577, PDB-3j2w:
Electron cryo-microscopy of Chikungunya virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

5578

3j2y

EMDB-5578, PDB-3j2y:
Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab 9.8B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.9 Å

5579

3j2z

EMDB-5579, PDB-3j2z:
Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab m10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.9 Å

5580

3j30

EMDB-5580, PDB-3j30:
Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab CHK152
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

PDB-4gq9:
Chikungunya virus neutralizing antibody 9.8B Fab fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.995 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードVIRUS / E1-E2 glycoprotein / nucleocapsid protein / transmembrane helix / IMMUNE SYSTEM / Alpha virus / Chikungunya VLP / neutralizing antibody m242 / neutralizing antibody 9.8B / neutralizing antibody m10 / neutralizing antibody CHK152 / VIRAL PROTEIN / IgG fold / antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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