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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic insights into herpesvirus helicase-primase and its therapeutic inhibitors.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 10, Issue 12, Page 3191-3201, Year 2025
掲載日2025年11月4日
著者Qing Yao / Alexandre Mercier / Arabinda Nayak / Lindsey May / Pui Yan Ho / Ariel Lewis-Ballester / Varsha Nair / Annapurna Sapre / Thomas Aeschbacher / Jit Mukherjee / Christopher Richards / Roberto Mateo / Aesop Cho / Eric Lansdon / Xinchao Yu /
PubMed 要旨The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for ...The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for the treatment of genital herpes has been hindered by the lack of structural information on the HP complex and the incomplete understanding of the mechanism of action of HPIs. Here we present the cryogenic electron microscopy structure of the HSV-1 HP apo-complex (3.8 Å), along with structures bound to pritelivir (3.2 Å) and amenamevir (3.2 Å)-two clinically active, chemically distinct HPIs. The potency of both inhibitors against HSV variants bearing mutations within the HPI binding pocket supports the high-resolution mapping of key molecular interactions while revealing residues that govern their antiviral spectrum against alphaherpesviruses. Our results provide important insight into the unique architecture of the HP complex and the mechanism of inhibition of HPIs, paving the way for the development of next-generation antivirals to treat herpesvirus infections.
リンクNat Microbiol / PubMed:41188384 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-49269, PDB-9nda:
The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-49276, PDB-9ndq:
The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-49277, PDB-9ndt:
The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-49290, PDB-9ndz:
The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-49291, PDB-9ne0:
The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-49304, PDB-9neb:
The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-49306, PDB-9nee:
The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-49326, PDB-9nel:
The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

PDB-1bxb:
XYLOSE ISOMERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS

PDB-1bxd:
NMR STRUCTURE OF THE HISTIDINE KINASE DOMAIN OF THE E. COLI OSMOSENSOR ENVZ

由来
  • herpesviridae (ウイルス)
キーワードREPLICATION / TRANSFERASE / Inhibitor / Helicase / Primase / Herpesvirus / Forked DNA / Pritelivir / TRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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