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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S | |||||||||
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![]() | Helicase / Primase / Forked DNA / REPLICATION / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Yao Q / Yu X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Inhibition Mechanism of Herpesvirus Helicase-Primase 著者: Yao Q / Mercier A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 249.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 30.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 282.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 201.7 MB 201.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 743 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 742.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9ndtMC ![]() 9ndaC ![]() 9ndqC ![]() 9ndzC ![]() 9ne0C ![]() 9nebC ![]() 9neeC ![]() 9nelC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.729 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_49277_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_49277_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The ternary complex of HSV-1 helicase-primase complex of UL8/UL52/UL5
全体 | 名称: The ternary complex of HSV-1 helicase-primase complex of UL8/UL52/UL5 |
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要素 |
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-超分子 #1: The ternary complex of HSV-1 helicase-primase complex of UL8/UL52/UL5
超分子 | 名称: The ternary complex of HSV-1 helicase-primase complex of UL8/UL52/UL5 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA primase
分子 | 名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 94.733156 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PVEVTALYAT DGCVITSSIA LLTNSLLGAE PVYIFSYDAY THDGRADGPT EQDRFEESRA LYQASGGLNG DSFRVTFCLL GTEVGGTHQ ARGRTRPMFV CRFERADDVA ALQDALAHGT PLQPDHIAAT LDAEATFALH ANMILALTVA INNASPRTGR D AAAAQYDQ ...文字列: PVEVTALYAT DGCVITSSIA LLTNSLLGAE PVYIFSYDAY THDGRADGPT EQDRFEESRA LYQASGGLNG DSFRVTFCLL GTEVGGTHQ ARGRTRPMFV CRFERADDVA ALQDALAHGT PLQPDHIAAT LDAEATFALH ANMILALTVA INNASPRTGR D AAAAQYDQ GASLRSLVGR TSLGQRGLTT LYVHHEVRVL AAYRRAYYGS AQSPFWFLSK FGPDEKSLVL TTRYYLLQAQ RL GGAGATY DLQAIKDICA TYAIPHAPRP DTVSAASLTS FAAITRFCCT SQYARGAAAA GFPLYVERRI AADVRETSAL EKF ITHDRS CLRVSDREFI TYIYLAHFEC FSPPRLATHL RAVTTHDPNP AASTEQPSPL GREAVEQFFC HVRAQLNIGE YVKH NVTPR ETVLDGDTAK AYLRARTYAP GALTPAPAYC GAVDSATKMM GRLADAEKLL VPRGWPAFAP ASPGEDTAGG TPPPQ TCGI VKRLLRLAAT EQQGPTPPAI AALIRNAAVQ TPLPVYRISM VPTGQAFAAL AWDDWARITR DARLAEAVVS AEAAAH PDH GALGRRLTDR IRAQGPVMPP GGLDAGGQMY VNRNEIFNGA LAITNIILDL DIALKEPVPF RRLHEALGHF RRGALAA VQ LLFPAARVDP DAYPCYFFKS ACRPGPASVG SGSGLGNDDD GDWFPCYDDA GDEEWAEDPG AMDTSHDPPD DEVAYFDL C HEVGPTAEPR ETDSPVCSCT DKIGLRVCMP VPAPYVVHGS LTMRGVARVI QQAVLLDRDF VEAIGSYVKN FLLIDTGVY AHGHSLRLPY FAKIAPDGPA CGRLLPVFVI PPACKDVPAF VAAHADPRRF HFHAPPTYLA SPREIRVLHS LGGDYV UniProtKB: DNA primase |
-分子 #2: DNA replication helicase
分子 | 名称: DNA replication helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 95.014969 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: NFTSMHGVQP ILKRIRELSQ QQLDGAQVPH LQWFRDVAAL ESPAGLPLRE FPFAVYLITG NAGSGKSTCV QTINEVLDCV VTGATRIAA QNMYAKLSGA FLSRPINTIF HEFGFRGNHV QAQLGQYPYT LTSNPASLED LQRRDLTYYW EVILDLTKRA L AASGGEEL ...文字列: NFTSMHGVQP ILKRIRELSQ QQLDGAQVPH LQWFRDVAAL ESPAGLPLRE FPFAVYLITG NAGSGKSTCV QTINEVLDCV VTGATRIAA QNMYAKLSGA FLSRPINTIF HEFGFRGNHV QAQLGQYPYT LTSNPASLED LQRRDLTYYW EVILDLTKRA L AASGGEEL RNEFRALAAL ERTLGLAEGA LTRLAPATHG ALPAFTRSNV IVIDEAGLLG RHLLTAVVYC WWMINALYHT PQ YAARLRP VLVCVGSPTQ TASLESTFEH QKLRCSVRQS ENVLTYLICN RTLREYARLS YSWAIFINNK RCVEHEFGNL MKV LEYGLP ITEEHMQFVD RFVVPENYIT NPANLPGWTR LFSSHKEVSA YMAKLHAYLK VTREGEFVVF TLPVLTFVSV KEFD EYRRL THQPGLTIEK WLTANASRIT NYSQSQDQDA GHMRCEVHSK QQLVVARNDV TYVLNSQIAV TARLRKLVFG FSGTF RAFE AVLRDDSFVK TQGETSVEFA YRFLSRLIFS GLISFYNFLQ RPGLDATQRT LAYARMGELT AEILSLRPKS SGVPTQ ASV MADAGAPGER AFDFKQLGPR DGGPDDFPDD DLDVIFAGLD EQQLDVFYCH YTPGEPETTA AVHTQFALLK RAFLGRF RI LQELFGEAFE VAPFSTYVDN VIFRGCEMLT GSPRGGLMSV ALQTDNYTLM GYTYARVFAF ADELRRRHAT ANVAELLE E APLPYVVLRD QHGFMSVVNT NISEFVESID STELAMAINA DYGISSKLAM TITRSQGLSL DKVAICFTPG NLRLNSAYV AMSRTTSSEF LRMNLNPLRE RHERDDVISE HILSALRDPN VVIVY UniProtKB: DNA replication helicase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均露光時間: 5.84 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |