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タイトルStructural mechanism of proton conduction in otopetrin proton channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7250, Year 2024
掲載日2024年8月23日
著者Ninghai Gan / Weizhong Zeng / Yan Han / Qingfeng Chen / Youxing Jiang /
PubMed 要旨The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as extracellular proton-activated proton channels. Several recent OTOP channel structures demonstrated that the channels form a dimer with ...The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as extracellular proton-activated proton channels. Several recent OTOP channel structures demonstrated that the channels form a dimer with each subunit adopting a double-barrel architecture. However, the structural mechanisms underlying some basic functional properties of the OTOP channels remain unresolved, including extracellular pH activation, proton conducting pathway, and rapid desensitization. In this study, we performed structural and functional characterization of the Caenorhabditis elegans OTOP8 (CeOTOP8) and mouse OTOP2 (mOTOP2) and illuminated a set of conformational changes related to the proton-conducting process in OTOP. The structures of CeOTOP8 reveal the conformational change at the N-terminal part of TM12 that renders the channel in a transiently proton-transferring state, elucidating an inter-barrel, Glu/His-bridged proton passage within each subunit. The structures of mOTOP2 reveal the conformational change at the N-terminal part of TM6 that exposes the central glutamate to the extracellular solution for protonation. In addition, the structural comparison between CeOTOP8 and mOTOP2, along with the structure-based mutagenesis, demonstrates that an inter-subunit movement at the OTOP channel dimer interface plays a central role in regulating channel activity. Combining the structural information from both channels, we propose a working model describing the multi-step conformational changes during the proton conducting process.
リンクNat Commun / PubMed:39179582 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.91 - 3.79 Å
構造データ

EMDB-42213: Caenorhabditis elegans Otopetrin 8 (CeOtop8) in pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

42214

8ug5

EMDB-42214, PDB-8ug5:
Caenorhabditis elegans Otopetrin 8 (CeOtop8) in pH 5.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-42215: Mus musculus Otopetrin 2 (mOTOP2) in pH 5.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-42216: Mus musculus Otopetrin 2 (mOTOP2) in pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-42217: Mus musculus Otopetrin 2 (mOTOP2) in pH 7.0, intermediate state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-42219: Mus musculus Otopetrin 2 (mOTOP2) M374W in pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

由来
  • caenorhabditis elegans (センチュウ)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proton channel / Otop / C.elegans / Otopetrin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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