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タイトルMulti-scale structures of the mammalian radial spoke and divergence of axonemal complexes in ependymal cilia.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 362, Year 2024
掲載日2024年1月8日
著者Xueming Meng / Cong Xu / Jiawei Li / Benhua Qiu / Jiajun Luo / Qin Hong / Yujie Tong / Chuyu Fang / Yanyan Feng / Rui Ma / Xiangyi Shi / Cheng Lin / Chen Pan / Xueliang Zhu / Xiumin Yan / Yao Cong /
PubMed 要旨Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures ...Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures of axonemal complexes in ependymal cilia, whose rhythmic beating drives the circulation of cerebrospinal fluid, however, remain obscure. Here, we present near-atomic resolution cryo-EM structures of mouse RS head-neck complex in both monomer and dimer forms and reveal the intrinsic flexibility of the dimer. We also map the genetic mutations related to primary ciliary dyskinesia and asthenospermia on the head-neck complex. Moreover, we present the cryo-ET and sub-tomogram averaging map of mouse ependymal cilia and build the models for RS1-3, IDAs, and N-DRC. Contrary to the conserved RS structure, our cryo-ET map reveals the lack of IDA-b/c/e and the absence of Tektin filaments within the A-tubule of doublet microtubules in ependymal cilia compared with mammalian respiratory cilia and sperm flagella, further exemplifying the structural diversity of mammalian motile cilia. Our findings shed light on the stepwise mammalian RS assembly mechanism, the coordinated rigid and elastic RS-CP interaction modes beneficial for the regulation of asymmetric ciliary beating, and also facilitate understanding on the etiology of ciliary dyskinesia-related ciliopathies and on the ependymal cilia in the development of hydrocephalus.
リンクNat Commun / PubMed:38191553 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度3.14 - 28.9 Å
構造データ

EMDB-37104: 96-nm axonemal repeat with RS1/2/3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.2 Å

EMDB-37111: 48-nm repeat DMT
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.6 Å

EMDB-37114: Radial Spoke 1 (RS1)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-37116: RS1 refined with head mask
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-37117: Radial Spoke 2 (RS2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.2 Å

EMDB-37118: Radial Spoke 2 (RS2) head
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.8 Å

EMDB-37119: Radial Spoke 3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-37120: Radial Spoke 3 head
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.9 Å

EMDB-37949, PDB-8wzb:
RS head-neck monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-38003: The consensus map of RS head-neck dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-38004: consensus map of RS head-neck monomer complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-38013: Rsph16-Rsph16' bridge region of Radial spoke head-neck dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-38014: Radial spoke head-neck dimer's monomer-half focuses-refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-38019: RS head-neck dimer's neck focused-refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

EMDB-38020, PDB-8x2u:
Radial spoke head-neck dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-38028: Radial spoke head-neck complex, focus-refinement on core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-38029: Focus-refinement on RS head-neck monomer's arm 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-38030: Focus-refinement on RS head-neck monomer's arm 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-38031: Focus-refinement on RS head-neck monomer's neck
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / radial spoke / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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