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タイトルStructural basis for ligand recognition and signaling of hydroxy-carboxylic acid receptor 2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7150, Year 2023
掲載日2023年11月6日
著者Jae-Hyun Park / Kouki Kawakami / Naito Ishimoto / Tatsuya Ikuta / Mio Ohki / Toru Ekimoto / Mitsunori Ikeguchi / Dong-Sun Lee / Young-Ho Lee / Jeremy R H Tame / Asuka Inoue / Sam-Yong Park /
PubMed 要旨Hydroxycarboxylic acid receptors (HCAR1, HCAR2, and HCAR3) transduce G signaling upon biding to molecules such as lactic acid, butyric acid and 3-hydroxyoctanoic acid, which are associated with ...Hydroxycarboxylic acid receptors (HCAR1, HCAR2, and HCAR3) transduce G signaling upon biding to molecules such as lactic acid, butyric acid and 3-hydroxyoctanoic acid, which are associated with lipolytic and atherogenic activity, and neuroinflammation. Although many reports have elucidated the function of HCAR2 and its potential as a therapeutic target for treating not only dyslipidemia but also neuroimmune disorders such as multiple sclerosis and Parkinson's disease, the structural basis of ligand recognition and ligand-induced G-coupling remains unclear. Here we report three cryo-EM structures of the human HCAR2-G signaling complex, each bound with different ligands: niacin, acipimox or GSK256073. All three agonists are held in a deep pocket lined by residues that are not conserved in HCAR1 and HCAR3. A distinct hairpin loop at the HCAR2 N-terminus and extra-cellular loop 2 (ECL2) completely enclose the ligand. These structures also reveal the agonist-induced conformational changes propagated to the G-protein-coupling interface during activation. Collectively, the structures presented here are expected to help in the design of ligands specific for HCAR2, leading to new drugs for the treatment of various diseases such as dyslipidemia and inflammation.
リンクNat Commun / PubMed:37932263 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 3.74 Å
構造データ

35234

8i7v

EMDB-35234, PDB-8i7v:
Cryo-EM structure of Acipimox bound human hydroxy-carboxylic acid receptor 2 in complex with Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

35235

8i7w

EMDB-35235, PDB-8i7w:
Cryo-EM structure of GSK256073 bound human hydroxy-carboxylic acid receptor 2 in complex with Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

36900

8k5b

EMDB-36900, PDB-8k5b:
Cryo-EM structure of niacin bound human hydroxy-carboxylic acid receptor 2 (Local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

36901

8k5c

EMDB-36901, PDB-8k5c:
Cryo-EM structure of Acipimox bound human hydroxy-carboxylic acid receptor 2 (Local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

36902

8k5d

EMDB-36902, PDB-8k5d:
Cryo-EM structure of GSK256073 bound human hydroxy-carboxylic acid receptor 2 (Local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

化合物

ChemComp-OJX:
5-methyl-4-oxidanyl-pyrazin-4-ium-2-carboxylic acid

ChemComp-OKL:
8-chloranyl-3-pentyl-7H-purine-2,6-dione

ChemComp-NIO:
NICOTINIC ACID / ニコチン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / G-Protein / acipimox / signaling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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