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タイトルStructural insights into the functions of Raf1 and Bsd2 in hexadecameric Rubisco assembly.
ジャーナル・号・ページMol Plant, Vol. 16, Issue 12, Page 1927-1936, Year 2023
掲載日2023年12月4日
著者Ran Wang / Hui Song / Wenjuan Zhang / Ning Wang / Shijia Zhang / Ruiqi Shao / Cuimin Liu /
PubMed 要旨Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco ...Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco to speed up its catalytic efficiency and ultimately increase agricultural productivity. However, difficulties with correct folding and assembly in foreign hosts or in vitro have hampered the genetic manipulation of hexadecameric Rubisco. In this study, we reconstituted Synechococcus sp. PCC6301 Rubisco in vitro using the chaperonin system and assembly factors from cyanobacteria and Arabidopsis thaliana (At). Rubisco holoenzyme was produced in the presence of cyanobacterial Rubisco accumulation factor 1 (Raf1) alone or both AtRaf1 and bundle-sheath defective-2 (AtBsd2) from Arabidopsis. RbcL released from GroEL is assembly capable in the presence of ATP, and AtBsd2 functions downstream of AtRaf1. Cryo-EM structures of RbcL-AtRaf1, RbcL-AtRaf1-AtBsd2, and RbcL revealed that the interactions between RbcL and AtRaf1 are looser than those between prokaryotic RbcL and Raf1, with AtRaf1 tilting 7° farther away from RbcL. AtBsd2 stabilizes the flexible regions of RbcL, including the N and C termini, the 60s loop, and loop 6. Using these data, combined with previous findings, we propose the possible biogenesis pathways of prokaryotic and eukaryotic Rubisco.
リンクMol Plant / PubMed:37853692
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.1 Å
構造データ

35532

8ilb

EMDB-35532, PDB-8ilb:
The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

35536

8ilm

EMDB-35536, PDB-8ilm:
The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

35605

8io2

EMDB-35605, PDB-8io2:
The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

35620

8ioj

EMDB-35620, PDB-8ioj:
The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

35621

8iol

EMDB-35621, PDB-8iol:
The complex of Rubisco large subunit (RbcL)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • synechococcus elongatus pcc 6301 (バクテリア)
  • synechococcus sp. (strain atcc 27144 / pcc 6301 / saug 1402/1) (バクテリア)
キーワードLYASE/CHAPERONE / RUBISCO ASSEMBL INTERMIDATES / COMPLEX / CHAPERONE / LYASE-CHAPERONE complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN / LYASE / Rubisco assembly intermediate / Rubisco assembly intermidiate / Rubisco large subunit / PHOTOSYNTHESIS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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