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タイトルCryo-EM reveals conformational variability in the SARS-CoV-2 spike protein RBD induced by two broadly neutralizing monoclonal antibodies.
ジャーナル・号・ページRSC Adv, Vol. 15, Issue 18, Page 14385-14399, Year 2025
掲載日2025年4月28日
著者Clayton Fernando Rencilin / Arnab Chatterjee / Mohammad Yousuf Ansari / Suprit Deshpande / Sohini Mukherjee / Randhir Singh / Sowrabha B Jayatheertha / Poorvi M Reddy / Nitin Hingankar / Raghavan Varadarajan / Jayanta Bhattacharya / Somnath Dutta /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 spike proteins play a critical role in infection by interacting with the ACE2 receptors. Their receptor-binding domains and N-terminal domains exhibit remarkable flexibility and can adopt ...SARS-CoV-2 spike proteins play a critical role in infection by interacting with the ACE2 receptors. Their receptor-binding domains and N-terminal domains exhibit remarkable flexibility and can adopt various conformations that facilitate receptor engagement. Previous structural studies have reported the RBD of the spike protein in "up", "down", and various intermediate states, as well as its different conformational changes during ACE2 binding. This flexibility also influences its interactions with the neutralizing antibodies, yet its role in the antibody complexes remains understudied. In this study, we used cryo-electron microscopy to investigate the structural properties of two broadly neutralizing monoclonal antibodies, THSC20.HVTR04 and THSC20.HVTR26. These antibodies were isolated from an unvaccinated individual and demonstrated potent neutralization of multiple SARS-CoV-2 variants. Our analysis revealed distinct binding characteristics and conformational changes in the spike RBD upon binding with the monoclonal antibodies. The structural characterization of the spike protein-monoclonal antibody complexes provided valuable insights into the structural variability of the spike protein and the possible mechanisms for antibody-mediated neutralization.
リンクRSC Adv / PubMed:40330036 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.4 - 7.3 Å
構造データ

34546

8ybs

EMDB-34546, PDB-8ybs:
State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

EMDB-34547: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): State - II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.152 Å

EMDB-34548: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): State - III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

34563

8yby

EMDB-34563: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26): State - I
PDB-8yby: State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26) - single Fab masked
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-34602: State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

34603

8ybz

EMDB-34603, PDB-8ybz:
State - II: Spike 3-up RBD with THSC20.HVTR26 (Fab26)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードPROTEIN BINDING / Cryo-EM Analysis / Spike Protein / monoclonal antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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