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タイトルStructure and proposed DNA delivery mechanism of a marine roseophage.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3609, Year 2023
掲載日2023年6月17日
著者Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Rui Zhang / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene ...Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene delivery. Here, we report the atomic capsid and in-situ structures of the tail machine of the marine siphophage, vB_DshS-R4C (R4C), which infects Roseobacter. The R4C virion, comprising 12 distinct structural protein components, has a unique five-fold vertex of the icosahedral capsid that allows genome delivery. The specific position and interaction pattern of the tail tube proteins determine the atypical long rigid tail of R4C, and further provide negative charge distribution within the tail tube. A ratchet mechanism assists in DNA transmission, which is initiated by an absorption device that structurally resembles the phage-like particle, RcGTA. Overall, these results provide in-depth knowledge into the intact structure and underlining DNA delivery mechanism for the ecologically important siphophages.
リンクNat Commun / PubMed:37330604 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.43 - 11.5 Å
構造データ

34247

8gta

EMDB-34247, PDB-8gta:
Cryo-EM structure of the marine siphophage vB_Dshs-R4C capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

34248

8gtb

EMDB-34248, PDB-8gtb:
Cryo-EM structure of the marine siphophage vB_DshS-R4C tail tube protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.43 Å

34249

8gtc

EMDB-34249, PDB-8gtc:
Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C baseplate-tail complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

34250

8gtd

EMDB-34250, PDB-8gtd:
Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C portal-adaptor complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

34252

8gtf

EMDB-34252, PDB-8gtf:
Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-terminator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-34253: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C C1 portal vertex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.5 Å

EMDB-34254: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C C5 portal vertex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

由来
  • dinoroseobacter phage vb_dshs-r4c (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Marine bacteriophage / Cyro-EM / Siphophage / capsid (カプシド) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / tail tube protein / Baseplate (三脚) / Megatron protein / Tail fibre protein / Distal tail protein / Hub protein / VIRUS (ウイルス) / Portal protein / Adaptor protein / Head-to-tail interface / Stopper protein / Terminator protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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